Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,017,882 | A→T | 5.3% | intergenic (‑175/+59) | PP_5679 ← / ← PP_4421 | hypothetical protein/aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,017,882 | 0 | A | T | 5.3% | 441.6 / 9.3 | 131 | intergenic (‑175/+59) | PP_5679/PP_4421 | hypothetical protein/aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/66); new base T (3/4); total (61/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GAGATGAATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAGAGGA > NC_002947/5017735‑5018031 | gagatgaATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTaaa > 1:3967729/1‑150 (MQ=255) tgaATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTTGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCgg < 2:524530/150‑1 (MQ=255) gaATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCgg > 1:5034480/1‑150 (MQ=255) gaATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCgg < 1:1635118/150‑1 (MQ=255) gaATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCgg > 1:3219462/1‑150 (MQ=255) aaTACGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTTATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTTTGATAGCACTAC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCggg < 2:3048379/150‑1 (MQ=255) aaTAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCggg > 2:5348104/1‑150 (MQ=255) aaaaGCCCGCACCGGTATCCGGCTCGCGATATTACTTTCCGCCCATTCGACATTATCTCACCCGAAACAACTACCTTGTGAACTCATCACACCTACTTGCAATTGATTGTGAAACAACAAC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGc < 2:2863425/148‑1 (MQ=255) 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aaaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTc > 1:427724/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCATAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCg < 1:5348104/150‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCgg > 2:3681151/1‑150 (MQ=255) aaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGt > 2:2142638/1‑150 (MQ=255) aaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTc > 2:1516745/1‑150 (MQ=255) gCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACGTCCTGTTCGGTCGTGa < 2:1671212/150‑1 (MQ=255) cccGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGAc < 1:3981627/150‑1 (MQ=255) ccGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTgatgat < 2:1284176/122‑1 (MQ=255) ccGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTgatgat > 1:1284176/1‑122 (MQ=255) ccGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACa > 1:3207898/1‑150 (MQ=255) gCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAag > 1:4100548/1‑150 (MQ=255) tAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAgagg > 1:1459346/1‑150 (MQ=255) aaaGGCGGGCATAACACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAgagga < 2:3422290/150‑1 (MQ=255) | GAGATGAATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAGAGGA > NC_002947/5017735‑5018031 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |