| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,043,165 | C→G | 6.3% | intergenic (+173/‑489) | PP_5680 → / → PP_4447 | Cro/CI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,043,165 | 0 | C | G | 6.3% | 414.8 / 14.2 | 126 | intergenic (+173/‑489) | PP_5680/PP_4447 | Cro/CI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (73/45); new base G (4/4); total (77/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGT > NC_002947/5043022‑5043314 | ttGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTa > 1:1628598/1‑150 (MQ=255)ttGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTa > 2:906846/1‑150 (MQ=255)ttGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTa > 1:2087169/1‑150 (MQ=255) 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cacaCCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccgcc > 1:1534551/1‑150 (MQ=255) cacaCCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccgcc < 2:5124319/150‑1 (MQ=255) cacCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCga > 1:2845712/1‑150 (MQ=255) cacCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCga < 1:4032540/150‑1 (MQ=255) acCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCgag > 2:5250998/1‑150 (MQ=255) 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cATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTgg < 1:1750903/150‑1 (MQ=255) aTGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGc > 1:4810879/1‑150 (MQ=255) tGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGcc > 1:3747190/1‑150 (MQ=255) tGACCTCTTCATCGGCGCGCCGTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGa < 1:2752528/113‑1 (MQ=255) aCCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTg > 1:172131/1‑150 (MQ=255) 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tcatcaGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCa < 1:3045514/150‑1 (MQ=255) tCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCa < 2:4789093/150‑1 (MQ=255) ctCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGt > 2:3222328/2‑150 (MQ=255) cgcGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGt < 2:2436136/148‑1 (MQ=255) aTCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCAGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCGGGCCTGACCGCAGt > 2:5309230/1‑150 (MQ=255) tCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTa < 2:3437615/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTaga > 1:2899147/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTaga < 1:1771197/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCGGGCCTGACCGCAGTaga < 2:2087169/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCg > 2:922808/1‑150 (MQ=255) cgcCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCgt < 2:3406213/150‑1 (MQ=255) | TTGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGAGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGT > NC_002947/5043022‑5043314 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |