| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,043,172 | A→G | 5.9% | intergenic (+180/‑482) | PP_5680 → / → PP_4447 | Cro/CI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,043,172 | 0 | A | G | 5.9% | 425.4 / 10.2 | 136 | intergenic (+180/‑482) | PP_5680/PP_4447 | Cro/CI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/49); new base G (4/4); total (82/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGCTA > NC_002947/5043028‑5043320 | tCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccg > 1:3997545/1‑150 (MQ=255)tCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccg > 1:3528189/1‑150 (MQ=255) ccACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccgc > 2:5113644/1‑150 (MQ=255) ccACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccgc > 2:4918303/1‑150 (MQ=255) ccACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTC‑TCGGCGGGCTTAAGGCgcgcc < 2:1854671/150‑1 (MQ=255) ccACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTC‑TCGGCGGGCTTAAGGCgcgcc < 1:3535583/150‑1 (MQ=255) cacaCCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTACTTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccgcc > 2:3306403/1‑150 (MQ=255) cacaCCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccgcc > 1:1534551/1‑150 (MQ=255) cacaCCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccgcc < 2:5124319/150‑1 (MQ=255) cacaCCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccgcc > 2:1430551/1‑150 (MQ=255) cacCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCga < 1:4032540/150‑1 (MQ=255) cacCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCga > 1:2845712/1‑150 (MQ=255) acCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCga‑g > 2:1117368/1‑150 (MQ=255) cccAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCgatg < 1:4035373/150‑3 (MQ=255) cccAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCga‑ga > 1:5327644/1‑150 (MQ=255) ccAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGa‑gaa > 2:4123570/1‑150 (MQ=255) tctcACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGc < 1:5424910/150‑1 (MQ=255) aTCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAgaga > 2:1341011/1‑150 (MQ=255) aTCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAgaga > 1:3437615/1‑150 (MQ=255) tCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGAc > 2:1771197/1‑150 (MQ=255) tCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGAc > 2:4393987/1‑150 (MQ=255) gACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAgaga > 2:2843909/1‑146 (MQ=255) gACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAgaga < 1:2843909/146‑1 (MQ=255) gACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGAcccc > 1:3768775/1‑150 (MQ=255) aCCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCg > 2:1623781/1‑150 (MQ=255) aCCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCg > 2:2463571/1‑150 (MQ=255) aCCCTGTCAGCGACGCTAATAACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCg > 1:2469628/1‑150 (MQ=255) cccTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGa < 1:1458023/150‑1 (MQ=255) cggTCCGCGCCGCGCATGACGGTGGTGATCCACCGCGGGTTAGGGAGAGCCTGCAGGCGTAATGGTCTGAGACCACCCCCGCGGCGATGAGGACATGCCCTCTTCATCGGCGCGCCGTACGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGc < 2:3154104/148‑1 (MQ=255) cTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAAc < 1:2677698/150‑1 (MQ=255) tAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAAcc > 2:1966835/1‑150 (MQ=255) aaTGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCg > 2:439498/1‑150 (MQ=255) ggTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTAt > 1:2392440/1‑150 (MQ=255) ttGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCg > 2:2962918/1‑150 (MQ=255) ttGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCg < 2:2272929/150‑1 (MQ=255) ttGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCg > 1:702703/1‑150 (MQ=255) gATCCTCATATGTTTTGGGATAGGCTTTTGGGGTAATTGTCTGATACGAAGAGCTCTGCGATGAGGTCTTTAGCTGTTCATCTGCTCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGACAGAGTACCAGAGCATGACGCCTAAGCGGCTTATGGCGGt < 2:2761196/150‑1 (MQ=255) ccACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTtc > 1:4068854/1‑150 (MQ=255) ccACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTtc > 2:5298813/1‑150 (MQ=255) cacaGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTtct < 1:2721730/150‑1 (MQ=255) cacaGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTtct > 1:5189891/1‑150 (MQ=255) ccaGAGGGTTAGGGATAGCCTTCCGGCGTAAGTGTCGGATCCCACCACCTCGGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCATACGGCGGttaggg < 2:3645429/149‑5 (MQ=255) acaGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTtctc > 1:1737039/1‑150 (MQ=255) acaGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTtctc > 1:4223776/1‑150 (MQ=255) agagGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTtctc < 1:1696036/148‑1 (MQ=255) agagGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTtctc > 2:1696036/1‑148 (MQ=255) agGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGcc > 1:1293821/1‑150 (MQ=255) tAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCa < 1:2847022/150‑1 (MQ=255) tAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCa < 2:2185392/150‑1 (MQ=255) gATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTct < 2:5098877/150‑1 (MQ=255) aTAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTctg > 2:4256606/1‑150 (MQ=255) gCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTctgctg > 1:384928/1‑150 (MQ=255) ccTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCtgctgc > 2:576533/1‑150 (MQ=255) ttAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGa < 2:1103646/150‑1 (MQ=255) ttAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGa > 2:2080855/1‑150 (MQ=255) gTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGa < 2:2244588/150‑1 (MQ=255) aaTTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATa < 2:4959524/150‑1 (MQ=255) aaTTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATa > 2:2753647/1‑150 (MQ=255) tGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGt > 1:1622508/1‑150 (MQ=255) gATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCCCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTc > 2:484251/1‑150 (MQ=255) aTACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTcc > 1:290454/1‑150 (MQ=255) tACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTcca < 1:2080855/150‑1 (MQ=255) aCCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCCTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTccaa < 1:4467403/150‑1 (MQ=255) cAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTccaacc > 2:49300/1‑150 (MQ=255) cAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTccaacc > 2:149083/1‑150 (MQ=255) acCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAAtt < 2:4534033/150‑1 (MQ=255) tctGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTa > 1:4789093/1‑150 (MQ=255) tctGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTa > 1:3279731/1‑150 (MQ=255) cGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTAtttt > 1:2040875/1‑150 (MQ=255) cGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTAtttt > 1:4777954/1‑150 (MQ=255) aTGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTc > 1:957374/1‑150 (MQ=255) cATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTgg < 1:1750903/150‑1 (MQ=255) aTGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGc > 1:4810879/1‑150 (MQ=255) tGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGa > 2:2752528/1‑113 (MQ=255) tGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGcc > 1:3747271/1‑150 (MQ=255) tGACCTCTTCATCGGCGCGCCGTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGa < 1:2752528/113‑1 (MQ=255) aCCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTg > 1:172131/1‑150 (MQ=255) gctctTC‑TCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGATGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGa > 2:2050106/2‑150 (MQ=38) ccTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGa < 2:4045660/150‑1 (MQ=255) ctctTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGc > 2:3334660/1‑106 (MQ=255) ctctTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGc < 1:3334660/106‑1 (MQ=255) ctctTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGAc > 2:5340053/1‑150 (MQ=255) tcttctCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCg > 2:212807/6‑150 (MQ=255) tcttctCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCg > 2:5280285/6‑150 (MQ=255) tcatcaGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCa < 1:3045514/150‑1 (MQ=255) tCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCa < 2:4789093/150‑1 (MQ=255) tCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCa < 1:1908083/150‑1 (MQ=255) cgcGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGt < 2:2436136/148‑1 (MQ=255) aTCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCAGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCGGGCCTGACCGCAGt > 2:5309230/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTaga > 1:2899147/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCGGGCCTGACCGCAGTaga < 2:2087169/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCg > 2:922808/1‑150 (MQ=255) cgcCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGCCCCCTCACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCgt < 2:2845712/150‑1 (MQ=255) cgcCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCgt < 2:3406213/150‑1 (MQ=255) ccTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCgtgt > 2:5288709/1‑150 (MQ=255) cTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGtgtg < 2:3485311/150‑1 (MQ=255) cTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGtgtg > 1:400719/1‑150 (MQ=255) ttAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGc > 2:165275/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGCTa < 2:2885808/150‑1 (MQ=255) aaGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGCTa < 2:1534551/150‑1 (MQ=255) | TCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGCTA > NC_002947/5043028‑5043320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |