| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,121,596 | A→T | 14.8% | intergenic (+59/+72) | PP_4505 → / ← PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,121,596 | 0 | A | T | 14.8% | 318.7 / 43.2 | 133 | intergenic (+59/+72) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/63); new base T (4/16); total (53/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGA > NC_002947/5121447‑5121744 | ccATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGa > 1:5130601/1‑150 (MQ=255)ccATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGa > 1:5130580/1‑150 (MQ=255) cATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCGAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGAt > 1:835382/1‑150 (MQ=255) 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tcctaccGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCg < 2:1920856‑M2/143‑1 (MQ=255) ctacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGt > 1:5048189‑M2/6‑150 (MQ=255) ctacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGt > 2:4537435‑M2/6‑150 (MQ=255) tacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGt < 2:3193987‑M2/115‑1 (MQ=255) tacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTc > 1:360384‑M2/5‑150 (MQ=255) tacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTc > 2:785446‑M2/5‑150 (MQ=255) acaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCa > 2:1020698‑M2/4‑150 (MQ=255) aGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGc < 2:3054518‑M2/149‑1 (MQ=255) ggggATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAgcg > 1:4649263/1‑150 (MQ=255) gggATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAgcgg > 1:4909114/1‑150 (MQ=255) 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CCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGA > NC_002947/5121447‑5121744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |