| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,121,598 | G→C | 13.7% | intergenic (+61/+70) | PP_4505 → / ← PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,121,598 | 0 | G | C | 13.7% | 362.3 / 42.7 | 130 | intergenic (+61/+70) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/65); new base C (4/14); total (51/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
ATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACAT > NC_002947/5121449‑5121747 | aTGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATg < 1:5434590/150‑1 (MQ=255) gCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCtg < 1:5363479/150‑1 (MQ=255) ggTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCtgtt < 1:345111/150‑1 (MQ=255) 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2:1369418‑M2/10‑90 (MQ=255) gctcctacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAg < 1:1369418‑M2/81‑1 (MQ=255) gctcctacaGGGGATCTGGATGCTGATGTAGGAGCGGTTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTGTCCAGCACCGGCGCCGTCCgcgggt > 2:5261811‑M2/10‑148 (MQ=255) ctacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGt > 2:4537435‑M2/6‑150 (MQ=255) ctacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGt > 1:5048189‑M2/6‑150 (MQ=255) tacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGt > 1:3193987‑M2/5‑119 (MQ=255) tacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTc > 2:3598016‑M2/5‑150 (MQ=255) tacaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTc > 1:1426941‑M2/5‑150 (MQ=255) acaGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCa > 2:1020698‑M2/4‑150 (MQ=255) aGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGc < 2:3054518‑M2/149‑1 (MQ=255) ggATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAgcggc > 2:5159797/1‑150 (MQ=255) ggATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAgcggc > 2:5159889/1‑150 (MQ=255) gtgGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTAc < 2:5130601/150‑1 (MQ=255) gATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGa < 1:3598016/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACAt > 2:3265201/1‑150 (MQ=255) | ATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACAT > NC_002947/5121449‑5121747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |