Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,121,602 | T→G | 14.6% | intergenic (+65/+66) | PP_4505 → / ← PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,121,602 | 0 | T | G | 14.6% | 298.8 / 43.6 | 124 | intergenic (+65/+66) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/58); new base G (4/14); total (52/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.79e-01 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAG > NC_002947/5121453‑5121751 | ggTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCtgtt < 1:345111/150‑1 (MQ=255) tAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCtgttgt < 1:3317826/150‑1 (MQ=255) tAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCtgttgt < 2:853470/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |