| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,129,417 | G→T | 14.0% | V334L (GTA→TTA) | PP_4514 → | alpha/beta hydrolase superfamily esterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,129,417 | 0 | G | T | 14.0% | 367.2 / 15.9 | 148 | V334L (GTA→TTA) | PP_4514 | alpha/beta hydrolase superfamily esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/57); new base T (3/21); total (70/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CGGCGTGACAGATTTCGGCCGTGCCCGCCACATGATCGACGCCGGTTACCGCGCCACTCGCCTGCTTGACCCGCGCCTGGCCGCCCTGCGCCAGCTCGAGGGCGACGCCAGCCTGGCCGTGGCCCGCTCGCCGCGCCAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTGGACTACTTCGACAGG > NC_002947/5129269‑5129566 | cGGCGTGACAGATTTCGGCCGTGCCCGCCACATGATCGACGCCGGTTACCGCGCCACTCGCCTGCTTGACCCGCGCCTGGCCGCCCTGCGCCAGCTCGAGGGCGACGCCAGCCTGGCCGTGGCCCGCTCGCCGCGCCAGCGCACGCCGGt < 2:71938/150‑1 (MQ=255) ggCGTGACAGATTTCGGCCGTGCCCGCCACATGATCGACGCCGTTTACCGCGCCACTCGCCTGGTTGACCGGCGCCTGGCCGCCCTGCGCCAGCTCGAGGGGGACGCAAGCCTGGCCGTGGCCCGCTGGCCGCGCCAGCGCACGCCGGTa < 1:1559036/150‑1 (MQ=255) tGACAGATTTCGGCCGTGCCCGCCACATGATCGACGCCGGTTACCGCGCCACTCGCCTGCTTGACCCGCGCCTGGCCGCCCTGCGCCAGCTCGAGGGCGACGCCAGCCTGGCCGTGGCCCGCTCGCCGCGCCAGCGCACGCCGGTAATTa > 2:3680739/1‑150 (MQ=255) 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cccGCTCGCCGCGCCAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAGGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGc > 2:821129/1‑150 (MQ=255) cGCTCGCCGCGCCAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGACCTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTg > 1:4062765/1‑150 (MQ=255) gCTCGCCGCGCCAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCgatga < 2:3245034/70‑1 (MQ=255) gCTCGCCGCGCCAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCgatga > 1:3245034/1‑70 (MQ=255) cTCGCCGCGCCTGCGCACGCCGTTAATAACCGAAATCCGTATCCAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTa < 1:744343/150‑1 (MQ=255) gccgcGCCAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATgg > 1:5439207/1‑150 (MQ=255) gccgcGCCAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATgg > 1:3183138/1‑150 (MQ=255) ccgcGCCAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGc > 1:5176196/1‑150 (MQ=255) cgccAGCGCACGCCGGTAATTACCGCACTCCGGATCTAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTg < 2:216165‑M2/146‑1 (MQ=255) cgccAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTg < 2:4364823‑M2/146‑1 (MQ=255) cccgcgcACGCCGTTAATTACCGAAATCCGTATCCAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTGGa < 2:1196399/147‑1 (MQ=255) cccgcgcACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTGGa < 2:994399/147‑1 (MQ=255) cACGCCGGTATTTCCCGCAACCCGGATCGAACACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTGGACTACtt < 2:5016523/150‑1 (MQ=255) cgcgGGTAATTACCGCAATCCGGATCCAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTGGACTACTTCg < 2:1872746/150‑1 (MQ=255) ggTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTGGACTACTTCGACAg > 1:3358978/1‑150 (MQ=255) gTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTGGACTACTTCGACAgg < 1:4950634/150‑1 (MQ=255) | CGGCGTGACAGATTTCGGCCGTGCCCGCCACATGATCGACGCCGGTTACCGCGCCACTCGCCTGCTTGACCCGCGCCTGGCCGCCCTGCGCCAGCTCGAGGGCGACGCCAGCCTGGCCGTGGCCCGCTCGCCGCGCCAGCGCACGCCGGTAATTACCGCAATCCGGATCGAAAACGACTCCAAGGTCAGCGATGATGTGATCCGCTCGTATATCCGCCAGCCGATCGACGCACCGCTGGAACTGGACCGCCTGCAGACCGACATGGGTACGCTGTATGGCCTGGACTACTTCGACAGG > NC_002947/5129269‑5129566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |