| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,161,759 | C→G | 11.5% | intergenic (+52/+54) | PP_4542 → / ← PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,161,759 | 0 | C | G | 11.5% | 249.5 / 2.4 | 91 | intergenic (+52/+54) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/37); new base G (2/10); total (44/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCACCGCCCG > NC_002947/5161613‑5161905 | tCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTTAAACCGCGCCGACACACGGTAGCGATCggt > 1:1719980/1‑148 (MQ=255)tCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑t‑t < 1:4018536/150‑1 (MQ=255) gagaGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGt < 2:5081395/150‑1 (MQ=255) agtgTGGCAGCCACTGTGAGTTGCTGGAGCATCTAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCAACATACCGGAGGTTTTGTAGTGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGTGTAAACCCTCTCCTACACAGGTTAGCTATCG‑T‑TGTa < 1:3977272/147‑1 (MQ=255) agagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTa > 2:638017/1‑150 (MQ=255) agagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTa < 1:2717816/150‑1 (MQ=255) agagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTa < 1:2717812/150‑1 (MQ=255) gagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAg < 2:2110978/150‑1 (MQ=255) gagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAg < 1:2802129/150‑1 (MQ=255) gTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGa < 2:201244/150‑1 (MQ=255) gCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCg > 2:3235545/1‑150 (MQ=255) gCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACACAGGTTGGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCg > 2:51697/1‑150 (MQ=255) cAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCgg < 1:5247749/150‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCgg < 1:3235545/150‑1 (MQ=255) aGCCACCGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCggg < 2:1747398/150‑1 (MQ=255) aGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCggg < 1:1284258/150‑1 (MQ=255) gCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGt < 1:2317177/150‑1 (MQ=255) acaGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGATAGCGAACC‑TGTGTAGGAGCGGGttt < 1:3662877/150‑1 (MQ=18) 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tGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:535108/139‑1 (MQ=255) gcagcaAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGCGTTTTTGTCGGGGTCGTTTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGGGGGTAAACCCGCTCCTACACTGGTTCGCTATCG‑T‑TTTAGGAGGGGTTTTACCCGCGAAAAGGCCgg < 2:5167405/150‑1 (MQ=255) gggCTTTATGCCGGTTTGTGGCCCCACCAGACGGTTGTTTTTTTGGGGGTCGATTGACACGTGCG‑GGGCGTTTTCGGGGTTAAACCCGCTCCTACACTGGTTCTCTATGG‑T‑TTTAGTAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGc < 2:3365679/150‑1 (MQ=255) ttggcggggTTGTGGCCCCACCAGACCGTTGTTTTTGTGGGGGTCGTTTGACCCCGGCG‑GGGCTTTTTCGGGGTTAACCGCGCCCCTACACGGGTTCGATATGG‑T‑TGTGGGTGGGGTTTTCCCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAAcaca < 2:297462/143‑1 (MQ=255) cccGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 1:3200369/122‑1 (MQ=255) cccGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 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ttgtttttGGGGGGGTCGATTGCCCCCGGCG‑GGGCCTTTCCGGGGCAAACCCCGCCCCAACCCTGTTTCGATATCG‑T‑TGTTGGTGGGGGTTTCCCCGCCAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAAc < 1:1260419/146‑1 (MQ=255) gTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGc < 2:3926600/83‑1 (MQ=255) gTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGc > 1:3926600/1‑83 (MQ=255) tCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAAACCCCGCCGACACAGGGTCGCGCTGG‑G‑GGTAGGGGCGGGGTTACCCGCGAAAAGGCCCGCCCAGGCAACACAGAAATCGCACTCCCCGCGGGGGGGCCACAAACCCCCCGccgcg > 2:179113/1‑147 (MQ=255) ttttcacacCGGCG‑CGGCCTTTGCGCGGTAAACCCCCCCCCAACCCAGTTCCGATTTGG‑T‑TTTCGGCGGGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTc < 1:1637220/145‑1 (MQ=255) gATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAAACCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTc > 2:2668362/1‑150 (MQ=255) 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gCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGACCGGCACAGGCAACACAAATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGcagcag > 1:3658029/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaaaa > 2:3364816/1‑150 (MQ=255) tACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACACCATGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAt > 2:2420605/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcc > 1:2551938/1‑150 (MQ=255) acaGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcct > 2:2238956/1‑150 (MQ=255) acaGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcct > 2:3055946/1‑150 (MQ=255) aGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCACGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcctcc > 2:2701110/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCa < 2:1719980/150‑1 (MQ=255) ttCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGc > 1:1069995/1‑81 (MQ=255) ttCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGc < 2:1069995/81‑1 (MQ=255) ttCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAcc > 1:4977768/1‑150 (MQ=255) gCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcc > 1:2347475/1‑150 (MQ=255) tATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGc > 1:1069066/1‑76 (MQ=255) tATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccg > 1:63252/1‑150 (MQ=255) tATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccg > 2:4187442/1‑150 (MQ=255) tATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCCTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccg > 1:1047122/1‑150 (MQ=255) gaTCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGc < 2:1069066/75‑1 (MQ=255) tCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTc > 1:4787946/1‑121 (MQ=255) tCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTc < 2:4787946/121‑1 (MQ=255) tCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTc > 1:2050206/1‑121 (MQ=255) tCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTc < 2:2050206/121‑1 (MQ=255) | TCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCG‑T‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCACCGCCCG > NC_002947/5161613‑5161905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |