| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,270,390 | G→A | 7.5% | V336M (GTG→ATG) ‡ | PP_4643 → | xanthine/uracil permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,270,390 | 0 | G | A | 7.5% | 562.7 / 24.3 | 187 | V336M (GTG→ATG) ‡ | PP_4643 | xanthine/uracil permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/96); new base A (9/5); total (86/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
GCAACGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAAC > NC_002947/5270241‑5270539 | gCAACGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCtgg < 1:3200068/150‑1 (MQ=255)gCAACGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCtgg > 1:4586888/1‑150 (MQ=255)gCAACGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCtgg < 1:472550/150‑1 (MQ=255)gCAACGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCtgg < 2:1523268/150‑1 (MQ=255) cAACGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCtggt < 1:2806756/150‑1 (MQ=255) cAACGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCtggt < 1:3920009/150‑1 (MQ=255) cAACGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCtggt < 2:4852715/150‑1 (MQ=255) aaCGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCtggtg < 2:192754/150‑1 (MQ=255) aaCGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCtggtg < 1:1232258/150‑1 (MQ=255) cgcgcCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGc < 1:2104868/150‑1 (MQ=255) gcCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTtg < 2:194451/150‑1 (MQ=255) cGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTtgct > 2:2248985/1‑150 (MQ=255) gACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTtgctg > 1:4428942/1‑150 (MQ=255) aTGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCATGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCa < 1:1829604/150‑1 (MQ=255) aTCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCAt < 2:3780650/150‑1 (MQ=255) tCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATg < 2:3162404/150‑1 (MQ=255) cGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATgg < 2:772964/150‑1 (MQ=255) cGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATgg < 1:2187315/150‑1 (MQ=255) 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cGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGcc < 2:361665/150‑1 (MQ=255) ttcACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCg > 2:3011689/1‑150 (MQ=255) ttcACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCg > 1:4101509/1‑150 (MQ=255) ttcACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCg > 2:4251559/1‑150 (MQ=255) tcACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGTCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCgg < 2:1311555/150‑1 (MQ=255) 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GCAACGGCCTGCGCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAAC > NC_002947/5270241‑5270539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |