| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,270,402 | T→C | 8.4% | L340L (TTG→CTG) ‡ | PP_4643 → | xanthine/uracil permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,270,402 | 0 | T | C | 8.4% | 599.0 / 29.1 | 202 | L340L (TTG→CTG) ‡ | PP_4643 | xanthine/uracil permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/103); new base C (10/7); total (92/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATC > NC_002947/5270253‑5270548 | gcgcCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCt < 2:2475911/150‑1 (MQ=255) cGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTtgct > 2:2248985/1‑150 (MQ=255) gACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTtgctg > 1:4428942/1‑150 (MQ=255) 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aTCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCgg < 1:346046/150‑1 (MQ=255) tCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCggg < 1:2070640/150‑1 (MQ=255) tCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCggg < 1:3790724/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGt < 1:5156643/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGt < 2:1595129/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTg < 2:1967596/150‑1 (MQ=255) gcgcCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGAtt < 2:1411136/150‑1 (MQ=255) gcCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTgc > 1:4640421/1‑150 (MQ=255) aTTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTgccgcc > 2:5091377/1‑150 (MQ=255) aTTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTgccgcc > 2:3584655/1‑150 (MQ=255) 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cTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGatc < 2:4586888/150‑1 (MQ=255) | GCGCCGACATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATC > NC_002947/5270253‑5270548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |