| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,270,410 | A→T | 9.9% | P342P (CCA→CCT) | PP_4643 → | xanthine/uracil permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,270,410 | 0 | A | T | 9.9% | 609.4 / 45.1 | 201 | P342P (CCA→CCT) | PP_4643 | xanthine/uracil permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/98); new base T (11/9); total (94/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTC > NC_002947/5270261‑5270559 | aTGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCATGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCa < 1:1829604/150‑1 (MQ=255) aTCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCAt < 2:3780645/150‑1 (MQ=255) tCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATg < 2:718169/150‑1 (MQ=255) 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aGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTc > 1:432505/1‑150 (MQ=255) | ATGGCATCGAGCATCCTGGCGCCGATTTTCGGTTCGTTCACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTC > NC_002947/5270261‑5270559 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |