| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,282,915 | 0 | A | C | 6.7% | 319.7 / 9.6 | 111 | intergenic (+78/+60) | trmA/pcaG | tRNA/tmRNA (uridine(54)‑C5)‑methyltransferase TrmA/protocatechuate 3,4‑dioxygenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/45); new base C (5/3); total (59/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CGCTGTGCATTGTTTGACCAGTTCCCGTATACCCACCATATGGAGAGTGGGGTTCTGCTGGTTCGGCGCTGATCGTTGTATTGCCGGGGCTGCTTTGCAGCCCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCGACATTGATCGGCGTCGGTGTACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACTTCGCAACGCTTGGC > NC_002947/5282766‑5283064 | cgcTGTGCATTGTTTGACCAGTTCCCGTATACCCACCATATGGAGAGTGGGGTTCTGCTGGTTCGGCGCTGATCGTTGTATTGCCGGGGCTGCTTTGCAGCCCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCGACATTGATCGGCGTCGGTGTACGCa < 2:3998972/150‑1 (MQ=255) cATTGTTTGACCTGTTCCCGTATACCCACCATATGGAGAGTGGGGTTCTGCTGGTTCTGCGCTTATCGTTGTATTGCCGGGGCTGCTTTTCAGCCCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCGACATTGATCGGCGTCGGTGTACGCTGATCGtt < 1:4496161/150‑1 (MQ=255) cATTGTTTGACCAGTTCCCGTATACCCACCATATGGAGAGTGGGGTTCTGCTGGTTCGGCGCTGATCGTTGTATTGCCGGGGCTGCTTTGCAGCCCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCGACATTGATCGGCGTCGGTGTACGCAGATCGtt < 2:1700349/150‑1 (MQ=255) 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aTTGATCGGCGTCGGTGTACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTcc > 1:1055253/1‑150 (MQ=255) tCGGCGTCGGTGTACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATcc > 1:3216473/1‑150 (MQ=255) cGGCGTCGGTGTACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGc > 1:3236473/1‑63 (MQ=255) cGGCGTCGGTGTACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGc < 2:3236473/63‑1 (MQ=255) gCGTCGGTGTACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAATAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACt > 1:4445360/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGTACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACTTc > 1:3052590/1‑150 (MQ=255) gtgtACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCgg < 1:5287310/111‑1 (MQ=255) gtgtACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCgg > 2:5287310/1‑111 (MQ=255) aCGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGCACGCCGTCTTCCCATCCACTTCGCAACGCt > 1:2618192/1‑150 (MQ=255) gCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACTTCGCAACGCTTg > 2:5201319/1‑150 (MQ=255) gCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACTTCGCAACGCTTg > 2:2473783/1‑150 (MQ=255) cAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACTTCGCAACGCTTgg < 2:4684330/150‑1 (MQ=255) cAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACTTCGCAACGCTTgg < 2:1945045/150‑1 (MQ=255) cAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACTTCGCAACGCTTgg < 2:2950716/150‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACTTCGCAACGCTTGGc > 2:4378679/1‑150 (MQ=255) | CGCTGTGCATTGTTTGACCAGTTCCCGTATACCCACCATATGGAGAGTGGGGTTCTGCTGGTTCGGCGCTGATCGTTGTATTGCCGGGGCTGCTTTGCAGCCCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCGACATTGATCGGCGTCGGTGTACGCAGATCGTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATGGGCCGCAGAGCGGCCCCAAGCTTCACCTCAGAAGTCGAAGAAGACGGTCTCCCCTTCCCCCTGAATGCGGATATCAAAGCGGTACGCCGTCTTCCCATCCACTTCGCAACGCTTGGC > NC_002947/5282766‑5283064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |