| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 334,838 | T→G | 5.6% | intergenic (‑151/+137) | PP_0276 ← / ← PP_t73 | Cro/CI family transcriptional regulator/tRNA‑Thr |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 334,838 | 0 | T | G | 5.6% | 646.7 / 19.5 | 196 | intergenic (‑151/+137) | PP_0276/PP_t73 | Cro/CI family transcriptional regulator/tRNA‑Thr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (87/98); new base G (8/3); total (95/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
GGCTTGCCTCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGTATGGTGCCGGCACC > NC_002947/334689‑334987 | ggCTTGCCTCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGgctgct > 2:4753169/1‑150 (MQ=255) gCTTGCCTCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGctgctg > 2:5052810/1‑150 (MQ=255) ttGCCTCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTgcg < 1:5262807/150‑1 (MQ=255) cTCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATACATCGTAGGGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGc < 1:1996151/150‑1 (MQ=255) cTCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGc > 2:2327444/1‑150 (MQ=255) tCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGgctgct < 2:1751284/142‑1 (MQ=255) tCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGcc > 1:4003176/1‑150 (MQ=255) tCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGcc > 1:2907012/1‑150 (MQ=255) tCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGcc > 1:2252548/1‑150 (MQ=255) cAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCGCAGCAGccccaa < 2:735875/150‑4 (MQ=255) aaaTATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCa < 2:2907012/150‑1 (MQ=255) aaTATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAg < 1:4753169/150‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCaa > 2:4238747/1‑150 (MQ=255) tAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGc > 1:3908991/1‑150 (MQ=255) tAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGc > 2:4955032/1‑150 (MQ=255) tAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGc > 2:5339300/1‑150 (MQ=255) ttGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTc < 2:582908/150‑1 (MQ=255) tGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTcc < 2:1059943/150‑1 (MQ=255) 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tCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGAt > 2:5113460/1‑150 (MQ=255) gTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCg > 2:5199956/1‑150 (MQ=255) gtgtGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCgtgg > 1:3182282/1‑150 (MQ=255) tgGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGtggtgg > 1:4637217/1‑150 (MQ=255) tgGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGtggtgg < 1:4136265/150‑1 (MQ=255) aTTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGAtt > 1:4877154/1‑150 (MQ=255) aTTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGAtt > 1:4367228/1‑150 (MQ=255) tggttggCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCa < 1:5079063/150‑1 (MQ=255) tggttggCGAGTCAAAGCGATTGTGGTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCGAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCa < 1:17434/150‑1 (MQ=255) ggttggCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAg < 1:964742/150‑1 (MQ=255) ggttggCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAg < 2:3269367/150‑1 (MQ=255) gttggCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAgg < 1:1848306/150‑1 (MQ=255) gttggCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAgg > 1:3027792/1‑150 (MQ=255) gAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGGTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTAAACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATcc > 1:4959897/1‑150 (MQ=255) gAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATcc > 2:4249920/1‑150 (MQ=255) 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ggTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCAcc > 1:621652/1‑150 (MQ=255) agagAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGt > 2:4909568/1‑150 (MQ=255) agagAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGt < 1:3619660/150‑1 (MQ=255) agaATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCTAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGTCATCCGTAAGGCAGGGATTGCGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGa < 1:4922479/150‑1 (MQ=255) agaATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTaa > 2:2076221/1‑97 (MQ=255) gCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGAt > 1:4777472/1‑150 (MQ=255) gCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGAGAGCCTTTTTTGAt > 2:5368811/1‑150 (MQ=255) cTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATa < 2:486295/150‑1 (MQ=255) ggggTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCTCACCGAAAGGTGGGCCTTTTTTgttttcc < 1:5339300/150‑7 (MQ=38) gggTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGc < 2:3472239/150‑1 (MQ=255) gtggtTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGt < 1:5052810/150‑1 (MQ=255) tggtTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGTa < 1:4564218/150‑1 (MQ=255) ggtTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGTAt < 1:4500210/150‑1 (MQ=255) ttGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCg > 1:1050592/1‑123 (MQ=255) ttGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGTATgg > 1:1829327/1‑150 (MQ=255) gatgggCTGCGCAGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGt < 1:2138165/122‑1 (MQ=255) gatgggCTGCGCAGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGTATgg > 2:1183324/4‑150 (MQ=255) gatgggCTGCGCAGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGTATgg > 1:2711287/4‑150 (MQ=255) gctgctGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGGATGGTGCCg > 1:176520/1‑150 (MQ=255) ctgcGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGt > 1:882565/1‑116 (MQ=255) tgcGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGTATGGTGCCGGCAcc > 1:2480887/1‑150 (MQ=255) tgcGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGTATGGTGCCGGCAcc > 2:644686/1‑150 (MQ=255) | GGCTTGCCTCGGCAGAAATATCTAAAATTTGCGATAAATCGTAGTGTGGATTGGTTGGCGAGTCAAAGCGTTTGTGTTGGAGAGTGTGTCTGTTTTTGAGCTGTGCTGGTGATCAGAGAATTGCTTCTGCTTGGGGTGGTTGGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGCAGGCAAGCCAGCTCCTACACCGATCGTGGTGGATTCAGGGCATCCGTAAGGCAGGGATTGAGGGCTGCGGGGGGAAAACAAAAAAGGCCCACCTTTCGGTGAGCCTTTTTTGATACTGCGTATGGTGCCGGCACC > NC_002947/334689‑334987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |