Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,340,023 | C→G | 7.4% | intergenic (+60/‑224) | PP_4696 → / → PP_mr53 | nitrogen regulation protein NR(I)/CrcZ ncRNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,340,023 | 0 | C | G | 7.4% | 390.4 / 17.3 | 121 | intergenic (+60/‑224) | PP_4696/PP_mr53 | nitrogen regulation protein NR(I)/CrcZ ncRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/60); new base G (4/5); total (56/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGC > NC_002947/5339876‑5340169 | cAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGTGGTTGGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCcgcgc < 1:836844/150‑1 (MQ=255) cAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCcgcgc < 1:5086835/150‑1 (MQ=255) cAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCcgcgc < 1:5086748/150‑1 (MQ=255) aaGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCcgcgcg < 2:4398087/150‑1 (MQ=255) aGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCgcgg < 1:3654493/150‑1 (MQ=255) cTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCgcggcg < 2:539273/150‑1 (MQ=255) cTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCgcggcg > 1:2618067/1‑150 (MQ=255) tCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGgcgc > 2:4584385/1‑150 (MQ=255) 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tAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGcc > 2:4876587/1‑150 (MQ=255) gCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGGCCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTca < 2:3501637/150‑1 (MQ=255) gCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTca > 2:619609/1‑150 (MQ=255) ccGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGGCCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTcac < 2:3197846/150‑1 (MQ=255) ccGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTcac > 2:3124397/1‑150 (MQ=255) cGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTcacc > 1:3003987/1‑149 (MQ=255) gCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAg > 1:636330/1‑150 (MQ=255) aGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGgcg > 1:5358678/1‑150 (MQ=255) tGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAATAGAAACGATACCAGCGAATAACACACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCt < 1:1006236/150‑1 (MQ=255) tGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATACCCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCt < 1:2657194/150‑1 (MQ=255) 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tgGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACgt > 1:542151/1‑150 (MQ=255) tgGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACgt > 1:541991/1‑150 (MQ=255) gggAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCACGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTCCGCACCGCACGCCGCAGCCGATGCGGCGTCGGTGAGCCCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACCGGCGCTGAACgtg > 2:1171192/1‑150 (MQ=39) gggAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCCCAGGCGCGGAACgtg > 2:1171181/1‑150 (MQ=255) ggAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACgtgt < 1:667361/150‑1 (MQ=255) 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ccgcAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGa < 2:1920606/150‑1 (MQ=255) gcAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAgg < 1:4986463/150‑1 (MQ=255) cAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGc > 2:4769031/1‑150 (MQ=255) ccTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTa < 2:2406508/150‑1 (MQ=255) cTATGCGGCGTCGGTGAGACCGCGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTAc < 1:3984997/150‑1 (MQ=255) cTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTAc < 1:4883133/150‑1 (MQ=255) tATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAAAGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCACACCTCCCGTAAAAATAATTTAAACAAGCTTTACGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACg > 1:784028/1‑150 (MQ=37) cggcgTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTaa < 1:2047625/150‑1 (MQ=255) cggcgTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTaa < 1:5089073/150‑1 (MQ=255) ggcgTCGGTGAGTCCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAAc < 1:302754/150‑1 (MQ=255) tGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGc < 1:2739670/150‑1 (MQ=255) agaCCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGa > 1:3748359/1‑150 (MQ=255) gccGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTCAAAGGCGCTGAACGTGTCAAGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCCTAAAAATATGTTACCCAAGCATTACGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAAATTCGACa > 2:1001109/2‑150 (MQ=37) gccGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCt > 2:723187/2‑92 (MQ=255) cGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGGACCACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACAtt > 2:4320323/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACAtttt > 2:1623850/1‑150 (MQ=255) gccgccCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGaa > 2:1845234/1‑150 (MQ=255) ccgcccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAAc < 1:2591184/150‑1 (MQ=255) ccgcccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAAc < 2:4946196/150‑1 (MQ=255) gcccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCt < 1:2157121/150‑1 (MQ=255) gcccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCt < 1:256084/150‑1 (MQ=255) ccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGc < 2:3753047/150‑1 (MQ=255) | CAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGC > NC_002947/5339876‑5340169 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |