| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,373,972 | G→C | 5.3% | intergenic (‑66/+31) | carB ← / ← carA | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,373,972 | 0 | G | C | 5.3% | 630.2 / 18.3 | 188 | intergenic (‑66/+31) | carB/carA | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/78); new base C (5/5); total (105/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
TTCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGCTCGA > NC_002947/5373823‑5374121 | ttCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAg > 1:566579/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAgg < 2:3512980/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTg > 1:1483385/1‑150 (MQ=255) aGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGcc > 1:576040/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑Gcc > 1:516882/1‑150 (MQ=255) tGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACACTCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑Gccc > 1:5080073/1‑150 (MQ=255) tGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGC‑CGGCACCTGCCgcgccc < 2:2815083/150‑6 (MQ=255) gCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCgg < 1:2328760/150‑1 (MQ=255) 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cAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTgg < 1:1824615/150‑1 (MQ=255) cAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTgg < 2:4259776/150‑1 (MQ=255) aTCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGaa < 2:2284694/150‑1 (MQ=255) tCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAg < 2:4656176/150‑1 (MQ=255) tGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCt < 2:850514/150‑1 (MQ=255) tGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCAAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCt < 2:4263406/150‑1 (MQ=255) gggTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTg > 2:1096613/1‑150 (MQ=255) gggTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTg < 2:3865852/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGGGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGaa < 2:5418173/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAc < 1:3144854/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAc > 1:2308877/1‑150 (MQ=255) tCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAc < 1:2230981/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTGCCGGGCGCGACAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTc > 2:3736475/1‑128 (MQ=255) ggCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAcgcg < 1:5373940/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAcgcg > 1:820168/1‑150 (MQ=255) gcgcTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACgcgc > 2:2914641/1‑150 (MQ=255) gcgcTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACgcgc > 2:3681477/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGt < 2:566579/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTc > 1:2581377/1‑150 (MQ=255) gggccgGCACCTGCCGCGCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCg > 2:314112/5‑150 (MQ=255) cgcgGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTa < 1:3434816/150‑1 (MQ=255) ggCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGc > 2:1421478/1‑150 (MQ=255) gCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGCt > 2:2017100/1‑150 (MQ=255) aGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGCTCg > 1:2474812/1‑150 (MQ=255) ggTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGCTCGa < 1:2973657/150‑1 (MQ=255) ggTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGCTCGa < 2:3906580/150‑1 (MQ=255) | TTCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGCTCGA > NC_002947/5373823‑5374121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |