| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,419,356 | C→G | 5.4% | A100P (GCG→CCG) | gudD ← | bifunctional D‑glucarate dehydratase/L‑idarate epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,419,356 | 0 | C | G | 5.4% | 677.5 / 20.0 | 202 | A100P (GCG→CCG) | gudD | bifunctional D‑glucarate dehydratase/L‑idarate epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/80); new base G (6/5); total (117/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TTCACCGCATCGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGCCGG > NC_002947/5419208‑5419505 | ttCACCGCATCGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACccgcc > 2:2548984/1‑150 (MQ=255)ttCACCGCATCGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACccgcc > 2:900048/1‑150 (MQ=255) ccGCATCGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGt > 1:473005/1‑150 (MQ=255) 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gCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGACGGGCTGGCGCAGGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGAGCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGCCGCATCTGCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGcc > 2:3949862/1‑150 (MQ=255) gCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGATCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGcc > 2:580716/1‑150 (MQ=255) gCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGcc < 1:2884514/150‑1 (MQ=255) accGCGACTCGGCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGcc > 1:938208/2‑150 (MQ=255) ccGCGACTCGGCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCg > 1:2255602/1‑150 (MQ=255) ccGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCGTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCg < 1:1890850/150‑1 (MQ=255) cgcgACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCGCTTCGCCCAGGCCgg > 1:4814938/1‑150 (MQ=255) gcgACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGt > 2:2627010/1‑150 (MQ=255) gACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTAt > 2:888635/1‑150 (MQ=255) ccgccgAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGc < 2:958898/150‑1 (MQ=255) ccgccgAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGc < 1:369937/150‑1 (MQ=255) ccgccgAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGc < 2:472956/150‑1 (MQ=255) gccgAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGCCg > 2:3978277/1‑150 (MQ=255) ccgAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGCCgg > 1:4600777/1‑150 (MQ=255) | TTCACCGCATCGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGCCGG > NC_002947/5419208‑5419505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |