| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,479,107 | A→C | 7.9% | intergenic (+50/+62) | PP_4813 → / ← PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,479,107 | 0 | A | C | 7.9% | 249.6 / 4.0 | 86 | intergenic (+50/+62) | PP_4813/PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/39); new base C (6/2); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTCAGCAGGTC > NC_002947/5478958‑5479255 | gCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGa < 1:4993091/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATcg < 2:3910256/150‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATcgc < 2:752854/150‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATcgc < 1:620852/150‑1 (MQ=255) tgtgGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCtt < 1:1475154/150‑1 (MQ=255) tgtgGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCtt < 1:2383473/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 2:3505874/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 2:1591371/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 1:54455/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 1:4875028/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCATGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 2:1575830/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAg < 1:2678485/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAg < 1:3737456/150‑1 (MQ=255) gtgtTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGc < 1:1521628/150‑1 (MQ=255) gtTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 1:5033484/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg < 1:783394/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg > 2:4815547/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGt < 2:2689998/150‑1 (MQ=255) cGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCGTATCGTAGGAGCGGGtttg > 1:5225946/1‑149 (MQ=255) gCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTGGCGGGTAAACCCGCTCCGACG‑CCCGGGGTGGCGCGTCTCGTCGGGGCGGGGTTA‑CCcgcg > 1:641905/1‑150 (MQ=255) gTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGa > 1:3066822/1‑133 (MQ=255) gTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGa < 2:3066822/133‑1 (MQ=255) gTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGaa < 1:4204988/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATATTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGATAAGCGCGATCCCGT‑GCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATa < 1:2171343/150‑1 (MQ=14) ggCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATATTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGATACGCGCGATCCCGT‑GCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATa < 1:2171402/150‑1 (MQ=17) gcgcTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAg < 1:3120486/150‑1 (MQ=255) gcatgctgGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGCATAgg > 1:3177184/4‑150 (MQ=255) gctgctGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGc < 2:641024/150‑1 (MQ=255) ctgctgGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTTATCCCGCGCCTACG‑CCCGGGCTGGCGCGGATGGGAGGCGCGGGGTTA‑GCCGCGGATAGGcc > 1:3800542/1‑150 (MQ=255) ggTTCTTCGCCTTGCTGGCGTTGCCGCCGGCGTTGGTCTGGTATCATTTTTGTTGTGGCGTGGGCGGGCCTATGCGCGGGTAACCCCGCTCCTCCG‑CCGGGGAGCGGGCTTATCGTTGGAGGGGTTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAg < 2:975870/149‑1 (MQ=255) cGTTGTTCGCAATGCATGCGTTGCCGCTGGCGTTGGTAAGTTATAAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCATACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGTTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAg < 2:3749539/150‑1 (MQ=37) cGTTCTTCGCCATGCTTGCGTTGCCGCAGGGGTTGGTCAGGTATAAATTTTGTTGTGGCCTGTGCCGGCCTATTCGGGGTTAACCCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTTGCGTAGGAG‑GGGTTTACCCCGCGAATCGGCCGGCACAg < 2:975941/150‑1 (MQ=255) cGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCTGGCGTTGGTCTGGTATAATTTTTGATGTTGCCGGTGCCGGCCTTTTCGGGGGTAACCCCGCTCCTCCG‑CCCGGGATCGCGCTTATGGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAg < 2:975904/150‑1 (MQ=37) 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catgcatgCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATGGTAGGTGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGa > 2:1140724/1‑150 (MQ=255) atgcatgcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑cc > 1:1660389/1‑120 (MQ=255) atgcatgcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑cc < 2:1660389/120‑1 (MQ=255) atgcatgcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGaa < 2:4939970/150‑1 (MQ=255) tgcatgcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCgcgc < 2:238015/97‑1 (MQ=255) tgcatgcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCgcgc > 1:238015/1‑97 (MQ=255) 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tCCTACG‑CACGGTATCGCGCTTATCGTTGGAGGGGTTTTA‑CCCGCGATTAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAg < 1:3319945/150‑1 (MQ=255) tCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAg > 1:3977083/1‑150 (MQ=255) cccccG‑CACGGGATCGCGCTTATCTTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAgg < 1:4815547/146‑1 (MQ=255) ccTACG‑CTCGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAgg < 1:4294493/150‑1 (MQ=255) cTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAggg > 2:659970/1‑150 (MQ=255) cTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAggg > 2:2247848/1‑150 (MQ=255) cACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATCCAGAACCCTCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTcagc < 2:3806496/150‑1 (MQ=255) aCGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTcagca > 1:3590055/1‑150 (MQ=255) ggATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTCAGCAGGt < 2:2134683/150‑1 (MQ=255) gATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTCAGCAGGTc > 2:5096569/1‑150 (MQ=255) gATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTCAGCAGGTc > 1:2901711/1‑150 (MQ=255) | GCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTCAGCAGGTC > NC_002947/5478958‑5479255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |