| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,479,114 | T→G | 13.0% | intergenic (+57/+55) | PP_4813 → / ← PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,479,114 | 0 | T | G | 13.0% | 206.9 / 7.1 | 79 | intergenic (+57/+55) | PP_4813/PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/33); new base G (10/2); total (44/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTCAGCAGGTCCAGC > NC_002947/5478966‑5479259 | tgtgGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCtt < 1:1475154/150‑1 (MQ=255)tgtgGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCtt < 1:2383473/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 2:3505874/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 2:1591371/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 1:54455/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 1:4875028/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCATGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTa < 2:1575830/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAg < 1:2678485/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAg < 1:3737456/150‑1 (MQ=255) gtgtTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGc < 1:1521628/150‑1 (MQ=255) gtTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 1:5033484/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg < 1:783394/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg > 2:4815547/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGt < 2:2689998/150‑1 (MQ=255) cGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCGTATCGTAGGAGCGGGtttg > 1:5225946/1‑149 (MQ=255) gCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTGGCGGGTAAACCCGCTCCGACG‑CCCGGGGTGGCGCGTCTCGTCGGGGCGGGGTTA‑CCcgcg > 1:641905/1‑150 (MQ=255) gTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGa < 2:3066822/133‑1 (MQ=255) gTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGa > 1:3066822/1‑133 (MQ=255) gTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGaa < 1:4204988/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATATTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGATAAGCGCGATCCCGT‑GCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATa < 1:2171343/150‑1 (MQ=14) ggCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATATTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGATACGCGCGATCCCGT‑GCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATa < 1:2171402/150‑1 (MQ=17) gcgcTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAg < 1:3120486/150‑1 (MQ=255) gcatgctgGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGCATAgg > 1:3177184/4‑150 (MQ=255) gctgctGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGc < 2:641024/150‑1 (MQ=255) ctgctgGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTTATCCCGCGCCTACG‑CCCGGGCTGGCGCGGATGGGAGGCGCGGGGTTA‑GCCGCGGATAGGcc > 1:3800542/1‑150 (MQ=255) ggTTCTTCGCCTTGCTGGCGTTGCCGCCGGCGTTGGTCTGGTATCATTTTTGTTGTGGCGTGGGCGGGCCTATGCGCGGGTAACCCCGCTCCTCCG‑CCGGGGAGCGGGCTTATCGTTGGAGGGGTTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAg < 2:975870/149‑1 (MQ=255) cGTTGTTCGCAATGCATGCGTTGCCGCTGGCGTTGGTAAGTTATAAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCATACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGTTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAg < 2:3749539/150‑1 (MQ=37) cGTTCTTCGCCATGCTTGCGTTGCCGCAGGGGTTGGTCAGGTATAAATTTTGTTGTGGCCTGTGCCGGCCTATTCGGGGTTAACCCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTTGCGTAGGAG‑GGGTTTACCCCGCGAATCGGCCGGCACAg < 2:975941/150‑1 (MQ=255) cGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCTGGCGTTGGTCTGGTATAATTTTTGATGTTGCCGGTGCCGGCCTTTTCGGGGGTAACCCCGCTCCTCCG‑CCCGGGATCGCGCTTATGGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAg < 2:975904/150‑1 (MQ=37) ttcGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAATCCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCGTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAAt > 2:4418440/1‑150 (MQ=255) ttcGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCact > 2:4418501/1‑148 (MQ=255) ttcGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCAATTCGCGGGTAATCCCGCTCCTACG‑CCCGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAAt > 2:2199409/1‑150 (MQ=255) cGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGc > 1:5381153/1‑145 (MQ=255) cGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGc < 2:5381153/145‑1 (MQ=255) catgcatgCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATGGTAGGTGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGa > 2:1140724/1‑150 (MQ=255) atgcatgcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑cc > 1:1660389/1‑120 (MQ=255) atgcatgcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑cc < 2:1660389/120‑1 (MQ=255) atgcatgcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGaa < 2:4939970/150‑1 (MQ=255) gcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCa < 2:4474421/150‑1 (MQ=255) cGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTAGCGGGTAAAACCGCGCCAACG‑CCCGGGCTAGGGCGTATCGGAGGAGCGGGTTTA‑CCCCCGCAAAGGCCGGCACACGCCAAACAGAACCATCAg > 1:3707202/1‑150 (MQ=255) gTTGGTCAGGTATCAGTATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGCTCGCGCGGATCGGAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTccc > 2:1991472/1‑150 (MQ=37) gTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTccc > 2:1141578/1‑150 (MQ=255) gTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 1:4318748/84‑1 (MQ=255) gTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg > 2:4318748/1‑84 (MQ=255) gTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCCTCCAACG‑CACGGGCTCGCGCGTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATcc > 2:1994445/1‑150 (MQ=38) cAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAACAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTc > 1:4369977/1‑150 (MQ=255) gTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGCTCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTc > 2:2831646/1‑150 (MQ=255) gCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGATTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCg < 2:2622021/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCCACCTACC‑CACGGGATCGCGCGTATCGTATGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCAGAATCCGCTACAGCAGCTTCTGGAtcaac > 1:4043654/1‑147 (MQ=38) gCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGATAAGCGCGATCCCGT‑GCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCa > 2:5347830/1‑150 (MQ=14) 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ccGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAAt > 2:3756029/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAAt > 2:2383948/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGCACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATc > 1:2950552/1‑150 (MQ=255) tCCTACG‑CACGGTATCGCGCTTATCGTTGGAGGGGTTTTA‑CCCGCGATTAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAg < 1:3319945/150‑1 (MQ=255) tCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAg > 1:3977083/1‑150 (MQ=255) 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gcgcTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTCAGCAGGTCCAGc < 2:3800542/150‑1 (MQ=255) | TGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCCGCTGCTGTGGCGAATCGAGGGTCAGCAGGTCCAGC > NC_002947/5478966‑5479259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |