Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,494,826 | G→A | 8.4% | A387V (GCG→GTG) | cobJ ← | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,494,826 | 0 | G | A | 8.4% | 485.3 / 25.5 | 167 | A387V (GCG→GTG) | cobJ | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/82); new base A (6/8); total (76/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CCTGGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGC > NC_002947/5494680‑5494975 | cctgGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACAccaccgcca < 2:5180302/150‑1 (MQ=255) ctgGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACAccaccgccac < 2:2151371/150‑1 (MQ=255) ctgGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACAccaccgccac < 1:4396640/150‑1 (MQ=255) gggCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACAccaccgccaccg > 1:5263897/1‑150 (MQ=255) gggCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACAccaccgccaccg > 1:2030795/1‑150 (MQ=255) cggcggTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAAc > 1:2145855/1‑150 (MQ=255) cggcggTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCAGGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAAc < 2:639752/150‑1 (MQ=255) ggcggTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACg > 2:3498930/1‑150 (MQ=255) 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gCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTgg < 2:1535439/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTgg < 2:1535728/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGgc > 1:5322492/1‑150 (MQ=255) cAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGAGTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGgc > 1:1775767/1‑150 (MQ=255) aGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGgcc < 2:1483688/150‑1 (MQ=255) 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cTGACGATACCATCACCACATCACGGCCTGAAGCCGCGAGTTCAAATGCATGGCGTGCACGCTGCATTTCCTCGCGATTGTCGGTCATATGGATGATCTGGTCGTCCCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACATAGGTTTCATAGCCAAGca < 2:2810314/150‑1 (MQ=255) cTGACGATACCATCACCACATCACGGCCTGAAGCCGCGAGTTCAAATGCATGGCGTGCACGCTGCATTTCCTCGCGATTGTCGGTCATATGGATGATCTGGTCGTCCCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACATAGGTTTCATAGCCAAGca < 2:83706/150‑1 (MQ=255) cTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGca > 2:1760236/1‑150 (MQ=255) cTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGca > 1:2093177/1‑150 (MQ=255) cTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGca > 1:1270046/1‑150 (MQ=255) cTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGca > 1:4671293/1‑150 (MQ=255) caccacCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTc > 1:364642/1‑132 (MQ=255) caccacCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTc < 2:4687848/150‑1 (MQ=255) caccacCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTc < 2:4205474/150‑1 (MQ=255) accaccGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCg > 1:2147756/1‑150 (MQ=255) gccaccgAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTgc > 2:2524707/1‑150 (MQ=255) | CCTGGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGC > NC_002947/5494680‑5494975 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |