| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,494,842 | G→A | 7.7% | Q382* (CAA→TAA) ‡ | cobJ ← | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,494,842 | 0 | G | A | 7.7% | 500.5 / 22.4 | 168 | Q382* (CAA→TAA) ‡ | cobJ | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/78); new base A (5/8); total (82/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGA > NC_002947/5494693‑5494991 | gCCAGCGAGGCGTTTACGCCCGGCATGTTCTGCAGGTAATGGCTTTGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTGGAGCACCGCTGGGGCCTTGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTgg < 1:3558996/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGAGGCGTATACCCCCGGCAATATGTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTgg < 1:3899361/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTgg < 2:828044/150‑1 (MQ=255) 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TGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGA > NC_002947/5494693‑5494991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |