Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,494,916 | C→T | 10.3% | G357D (GGC→GAC) | cobJ ← | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,494,916 | 0 | C | T | 10.3% | 455.8 / 33.2 | 164 | G357D (GGC→GAC) | cobJ | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/73); new base T (7/10); total (81/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
ATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACCGCGACGGCGGCCGAC > NC_002947/5494767‑5495064 | aTGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTcgc > 2:5302910/1‑150 (MQ=255) gCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTcgccg < 1:5137799/150‑1 (MQ=255) cTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTcgccgc > 2:4702637/1‑150 (MQ=255) cTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTcgccgc > 2:2668780/1‑150 (MQ=255) ttCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCcgcg > 2:4909461/1‑150 (MQ=255) ttCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCcgcg > 2:4909413/1‑150 (MQ=255) gCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCACCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACg > 2:3484468/1‑150 (MQ=255) cACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACgg < 1:2546677/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gcTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAg < 1:3498930/150‑1 (MQ=255) tGCATTTCCTCGCGATTGTCGGTCATATGGATGATCTGGTCGTCCCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACATAGGTTTCATAGCCAAGCACATCTTCGGCCTgttc < 1:1550966/104‑4 (MQ=255) tGCATTTCCTCGCGATTGTCGGTCATATGGATGATCTGGTCGTCCCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACATAGGTTTCATAGCCAAGCACATCTTCGGCCTgttc > 2:1550966/1‑101 (MQ=255) gCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGc < 1:4826761/150‑1 (MQ=255) aTCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCa < 2:3436424/150‑1 (MQ=255) tctcTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTc > 2:796683/1‑106 (MQ=255) 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gcgGTTGTCGGTGCCGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCAGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGAt < 2:4386758/150‑1 (MQ=255) gcgGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGAt < 1:2370888/150‑1 (MQ=255) gcgGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGAt > 1:4851148/1‑150 (MQ=255) ttGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGAcc < 1:4736684/150‑1 (MQ=255) gTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGc < 1:4636378/150‑1 (MQ=255) tCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGcc > 1:768594/1‑150 (MQ=255) gtgcagCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGAcc < 1:1038403/150‑1 (MQ=255) gcaCCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACCGCGAc < 1:2497782/150‑1 (MQ=255) gcaCCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACCGCGAc > 2:1505654/1‑150 (MQ=255) caCCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACCGCGAcg < 2:1652622/150‑1 (MQ=255) aCCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACCGCGAcgg < 2:2572546/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCCTCAGGTCCGCCGCGCCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGCCCGCGACGGCGGcc > 1:4936529/1‑150 (MQ=255) gccgcGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACCGCGACGGCGGCCGAc < 2:5055794/150‑1 (MQ=255) gccgcGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACCGCGACGGCGGCCGAc < 2:5447617/150‑1 (MQ=255) | ATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACCGCGACGGCGGCCGAC > NC_002947/5494767‑5495064 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |