Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,558,375 | T→G | 5.8% | S410R (AGC→CGC) | PP_4888 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_002947 | 5,558,375 | 0 | T | G | 5.8% | 682.1 / 20.8 | 200 | S410R (AGC→CGC) | PP_4888 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/88); new base G (7/5); total (107/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GTTTCAACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGT > NC_002947/5558227‑5558524 | gTTTCAACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTc < 1:496710/150‑1 (MQ=255) gTTTCAACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTc < 1:3218983/150‑1 (MQ=255) gTTTCAACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTc < 2:4906731/150‑1 (MQ=255) cAACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACa < 1:4576006/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTcgc > 1:435189/1‑150 (MQ=255) gCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTcgc < 1:2062971/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTcgc < 1:2062643/150‑1 (MQ=255) ccGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCgcgc < 1:94175/150‑1 (MQ=255) ccGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCgcgc < 1:3148683/150‑1 (MQ=255) cGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCa < 2:4517157/150‑1 (MQ=255) ggCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑g < 1:4650134/150‑1 (MQ=255) ggCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑g < 2:777053/150‑1 (MQ=255) cAAGGTTCTCCATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCACGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCGCGACCTGTCGAGCatgg < 2:1724631/150‑4 (MQ=255) aGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTg < 2:885157/150‑1 (MQ=255) tctcAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGCCAGCC‑TGCGCGACCTGTCGAGCATGGCTgacga < 1:1592420/150‑2 (MQ=38) tcAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGcc > 2:3839941/1‑150 (MQ=255) tcAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCGCGACCTGTCGAGCatg < 1:404339/141‑3 (MQ=255) aaTCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCAc > 2:2309394/1‑150 (MQ=255) 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ttGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCaa < 1:5170109/150‑1 (MQ=255) tGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAAc < 2:4048953/150‑1 (MQ=255) ggAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAAcgccgccgc > 1:910352/1‑150 (MQ=255) gAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACGTCGTCACGCTGCAACGCCGCcgcg > 1:1148624/1‑150 (MQ=255) ggCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCAt < 2:529483/150‑1 (MQ=255) 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tCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATg < 2:1868703/150‑1 (MQ=255) tCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATg < 1:1576315/150‑1 (MQ=255) cGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATgg < 2:4261715/150‑1 (MQ=255) cGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATgg < 1:5030107/150‑1 (MQ=255) gTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATggg < 2:26514/150‑1 (MQ=255) tCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACTGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGc > 1:1491297/1‑150 (MQ=255) cAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCt < 1:971195/150‑1 (MQ=255) aGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGAtctc < 1:5312634/102‑1 (MQ=255) aGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGAtctc > 2:5312634/1‑102 (MQ=255) aGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCTCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTg < 2:1190964/150‑1 (MQ=255) aGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTg > 2:574360/1‑150 (MQ=255) gcctGCGCGACCTGTCGAGCATGGCTGACGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGc > 2:4373309/4‑150 (MQ=255) ccATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCa < 2:2679922/150‑1 (MQ=255) cctGCGCGACCTGTCGAGCA‑TGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAg > 2:2136992/3‑150 (MQ=255) cctGCGCGACCTGTCGAGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAg > 1:4851020/3‑150 (MQ=255) cATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATgg < 1:1881759/89‑1 (MQ=255) aTGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGc < 2:2861730/150‑1 (MQ=255) tGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATggg > 1:4786778/1‑142 (MQ=255) tGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATggg < 2:4786778/142‑1 (MQ=255) tGCGCGACCTGTCGAGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCt > 2:1275855/1‑150 (MQ=255) | GTTTCAACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGT > NC_002947/5558227‑5558524 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |