| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,558,380 | A→C | 5.8% | L408R (CTG→CGG) ‡ | PP_4888 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,558,380 | 0 | A | C | 5.8% | 706.4 / 23.0 | 207 | L408R (CTG→CGG) ‡ | PP_4888 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (103/92); new base C (7/5); total (110/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CAACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACA > NC_002947/5558231‑5558529 | cAACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACa < 1:4576006/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAg > 1:20525/1‑150 (MQ=255) aCCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAgg > 2:3825521/1‑150 (MQ=255) 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tCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATg < 1:1576315/150‑1 (MQ=255) tCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATg < 2:1868703/150‑1 (MQ=255) tCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACGTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATg < 2:3523595/150‑1 (MQ=255) cGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATgg < 1:5030107/150‑1 (MQ=255) tCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACTGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGc > 1:1491297/1‑150 (MQ=255) tCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGc < 2:435189/150‑1 (MQ=255) cAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCt < 1:971195/150‑1 (MQ=255) aGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGAtctc > 2:5312634/1‑102 (MQ=255) aGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCTCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTg < 2:1190964/150‑1 (MQ=255) aGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTg > 2:574360/1‑150 (MQ=255) cctGCGCGACCTGTCGAGCA‑TGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAg > 2:2136992/3‑150 (MQ=255) ctGCGCGACCTGTCGAGCATGGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAg > 2:3885519/2‑150 (MQ=255) tGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATggg < 2:4786778/142‑1 (MQ=255) tGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATggg > 1:4786778/1‑142 (MQ=255) tGCGCGACCTGTCGAGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCAtt < 1:5425273/73‑1 (MQ=255) tCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGt > 1:3364041/1‑150 (MQ=255) tCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGt > 2:3595401/1‑150 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 1:937702/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 1:747065/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACa > 2:297546/1‑150 (MQ=255) | CAACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACA > NC_002947/5558231‑5558529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |