| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,558,381 | G→T | 5.8% | L408M (CTG→ATG) ‡ | PP_4888 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,558,381 | 0 | G | T | 5.8% | 685.8 / 20.5 | 205 | L408M (CTG→ATG) ‡ | PP_4888 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (101/92); new base T (7/5); total (108/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
AACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACA > NC_002947/5558232‑5558529 | aaCCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAg > 1:20525/1‑150 (MQ=255) gCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTcgc > 1:435189/1‑150 (MQ=255) gCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTcgc < 1:2062947/150‑1 (MQ=255) 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aTGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGACACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGc < 1:5020749/150‑1 (MQ=255) tGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATggg < 2:4786778/142‑1 (MQ=255) cTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTg < 2:5312537/150‑1 (MQ=255) tCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGt > 1:3364041/1‑150 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 1:747094/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 2:1493236/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 2:539700/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 1:5054146/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 2:4240068/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 1:937388/150‑1 (MQ=255) gACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCg > 2:1039437/1‑150 (MQ=255) aCAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGa < 1:3796017/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGAACTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCCAc < 2:1674959/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACa < 2:3359310/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACa > 2:297549/1‑150 (MQ=255) | AACCTGCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACA > NC_002947/5558232‑5558529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |