| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,558,386 | C→A | 5.8% | R406L (CGC→CTC) | PP_4888 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,558,386 | 0 | C | A | 5.8% | 658.9 / 19.0 | 197 | R406L (CGC→CTC) | PP_4888 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/87); new base A (7/5); total (105/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
GCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACAAAGCGA > NC_002947/5558237‑5558535 | gCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTcgc < 1:2062947/150‑1 (MQ=255)gCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTcgc > 2:415967/1‑150 (MQ=255) ggCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑g < 1:3716362/150‑1 (MQ=255) cAAGGTTCTCCATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCACGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCGCGACCTGTCGAGCatgg < 2:1724631/150‑4 (MQ=255) aGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTg < 2:885157/150‑1 (MQ=255) gTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTggc > 2:779130/1‑150 (MQ=255) gTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTggc > 2:2126124/1‑150 (MQ=255) tctcAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGCCAGCC‑TGCGCGACCTGTCGAGCATGGCTgacga < 1:1592420/150‑2 (MQ=38) 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gCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTc > 1:539700/1‑150 (MQ=255) gCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTc > 1:1493236/1‑150 (MQ=255) tCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCt > 2:4671292/1‑133 (MQ=255) tCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCt < 1:4671292/133‑1 (MQ=255) cAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTg < 1:1499426/150‑1 (MQ=255) 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ggCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCAt < 2:529483/150‑1 (MQ=255) ggCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCAt > 2:5260008/1‑150 (MQ=255) cTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCg < 2:3049308/150‑1 (MQ=255) tGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCgg < 1:396226/150‑1 (MQ=255) gTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGc > 1:4048907/1‑150 (MQ=255) ttCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCa > 1:4383614/1‑150 (MQ=255) tctcATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGACTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCAc < 1:4550101/150‑1 (MQ=255) tcATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCg < 2:2246165/150‑1 (MQ=255) tcATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCg > 1:598180/1‑150 (MQ=255) tcATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCg < 1:5359876/150‑1 (MQ=255) 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cATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATgg < 1:1881759/89‑1 (MQ=255) ctGCGCGACCTGTCGAGCATGGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAg > 2:3885519/2‑150 (MQ=255) aTGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGc > 2:808329/1‑150 (MQ=255) aTGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGc < 2:2861730/150‑1 (MQ=255) aTGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGACACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGc < 1:5020749/150‑1 (MQ=255) tGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATggg < 2:4786778/142‑1 (MQ=255) tGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATggg > 1:4786778/1‑142 (MQ=255) cTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTg < 2:4051957/150‑1 (MQ=255) tCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGt > 2:3595401/1‑150 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 1:937702/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 2:4240068/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 1:747065/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 2:1493236/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 1:5054146/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTc < 2:539700/150‑1 (MQ=255) gACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCg > 2:1039437/1‑150 (MQ=255) gACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCg > 1:3416403/1‑150 (MQ=255) cAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGAACTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCCAc < 2:1674959/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACa > 2:297546/1‑150 (MQ=255) gTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACaaa < 1:1039437/150‑1 (MQ=255) gTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCACCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACaaa > 1:1300413/1‑150 (MQ=255) gcgcA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACAAAGCg > 1:2992737/1‑150 (MQ=255) cgcA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACAAAGCGa < 1:1343862/150‑1 (MQ=255) cgcA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACAAAGCGa < 1:5146308/150‑1 (MQ=255) | GCCCGGCAAGGTTCTCAATCAGGCTCGCCAGTTGCGTCGAGGAACGGCTGTTCTCATCCGTCGCCTGGCGAATGTCCACCACCTGCTGCAACGCCGCCTGCATGGCATGGCTTTCAGCCTGAGCCTCGTCAGCCATGCTCGACAGGTCGCGCA‑GGCTGGCGGCCACTTCGTCACGCTGCAACGCCGCCGCGGCATCGGCACCGGCATTGCGCTGGGCCATGGCGCCGATCTCGACGCCGGTACGCTGGGCCACCTCGCCGGCCTCGCGGACGATGGGCTGCAGCTTGTCGACAAAGCGA > NC_002947/5558237‑5558535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |