| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,560,348 | T→G | 5.5% | K293T (AAG→ACG) | purA ← | adenylosuccinate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,560,348 | 0 | T | G | 5.5% | 414.2 / 10.7 | 128 | K293T (AAG→ACG) | purA | adenylosuccinate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/59); new base G (3/4); total (65/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TGATGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAGGTAGCACCGGTCTCGTCGAACAGTTCGGTCGGGAACGGACCGGAACCCACGCGAGTGGTGTAGGCCTTGGTGATACCGAGGATGTAGTCGAGGTACATCGGGCCGACGCCGGAACCGGTGGAAATACCACCGGCAGTGGTG > NC_002947/5560199‑5560497 | tGATGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCt > 1:2664316/1‑150 (MQ=255) gATGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCtt > 2:4247127/1‑150 (MQ=255) gATGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCtt < 2:4847222/150‑1 (MQ=255) aTGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTg > 1:4291303/1‑150 (MQ=255) aTGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTg > 2:2572404/1‑150 (MQ=255) tGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTgg > 1:2136415/1‑150 (MQ=255) ggTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGc < 1:3240102/150‑1 (MQ=255) ggTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGc < 1:3240069/150‑1 (MQ=255) ggTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGc < 1:2261774/150‑1 (MQ=255) gTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGcc > 1:1034270/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAg < 2:1789647/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAg < 1:1033969/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCTTGGCCAAGCGTGGCCacga < 2:1778322/150‑4 (MQ=255) ccAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGCCCACGCTTGGCCAAgg > 2:5345052/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAGGt < 1:334150/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAGGt < 1:908860/150‑1 (MQ=255) aGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATTGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAGGTa > 1:4039079/1‑150 (MQ=255) aGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAGGTa > 1:280720/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |