| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 425,351 | A→C | 5.9% | intergenic (‑39/+18) | PP_0349 ← / ← PP_0350 | membrane protein/ferrichrome‑iron receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 425,351 | 0 | A | C | 5.9% | 543.5 / 14.4 | 176 | intergenic (‑39/+18) | PP_0349/PP_0350 | membrane protein/ferrichrome‑iron receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (86/78); new base C (7/5); total (93/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TGGAAGATAAGGGGCAGGCCGGTGACTGCCAGCAACAGCAGGAACAGGGTACAGACCAGGCTGCTCCAGGTGTGGATCAAGGACCAGCGGCGGATGGTGGGGCTCTTCATCACGGTACCGATTGTTGTCGGTTGGAACCCGGGGCCGCAAGGCGGCCCCAGCTCACTCAGAACTTGTAAGTGGCGCTGGCGACAACGCTGCGCTCATCGCCGTAGTAGCAGTAGTAGGAGTCACAAGTAGAGAGGTAATCCTTGTTCAGCAGGTTGGTGGCGGTGACCGCGACCGACGCGCCCTCCAG > NC_002947/425203‑425500 | tggAAGATAAGGGGCAGGCCGGTGACTGCCAGCAACAGCAGGAACAGGGTACAGACCAGGCTGCTCCAGGTGTGGATCAAGGACCAGCGGCGGATGGTGGGGCTCTTCATCACGGTACCGATTGTTGTCGGTTGGAACCCGGGGCCGCaa < 1:1415885/150‑1 (MQ=255) aTAAGGGGCAGGCCGGTGACTGCCAGCAACAGCAGGAACAGGGTACAGACCAGGCTGCTCCAGGTGTGGATCAAGGACCAGCGGCGGATGGTGGGGCTCTTCATCACGGTACCGATTGTTGTCGGTTGGAACCCGGGGCCGCAAggcggc < 2:5133028/150‑1 (MQ=255) aTAAGGGGCAGGCCGGTGACTGCCAGCAACAGCAGGAACAGGGTACAGACCAGGCTGCTCCAGGTGTGGATCAAGGACCAGCGGCGGATGGTGGGGCTCTTCATCACGGTACCGATTGTTGTCGGTTGGAACCCGGGGCCGCAAggcggc < 2:5133016/150‑1 (MQ=255) 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cccGGGGCCGCAAGGCGGCCCCAGCTCACTCAGAACTTGTAAGTGGCGCTGGCGACAACGCTGCGCTCATCGCCGTAGTAGCAGTAGTAGGAGTCACAAGTAGAGAGGTAATCCTTGTTCAGCAGGTTGGTGGCGGTGACCGcgaccgac > 1:2832100/1‑150 (MQ=255) cccGGGGCCGCAAGGCGGCCCCAGCTCACTCAGAACTTGTAAGTGGCGCTGGCGACAACGCTGCGCTCATCGCCGTAGTAGCAGTAGTAGGAGTCACAAGTAGAGAGGTAATCCTTGTTCAGCAGGTTGGTGGCGGTGACCGcgaccgac < 1:2425247/150‑1 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAGGCGGCCCCAGCTCACTCAGAACTTGTAAGTGGCGCTGGCGACAACGCTGCGCTCATCGCCGTAGTAGCAGTAGTAGGAGTCACAAGTAGAGAGGTAATCCTTGTTCAGCAGGTTGGTGGCGGTGACCGCGACCGAcg > 1:2304524/1‑150 (MQ=255) tggggCCGCCTTGCGGCCCCAGCTCACTCAGAACTTGTAAGTGGCGCTGGCGACAACGCTGCGCTCATCGCCGTAGTAGCAGTAGTAGGAGTCACAAGTag < 2:3212967/100‑1 (MQ=255) tggggCCGCCTTGCGGCCCCAGCTCACTCAGAACTTGTAAGTGGCGCTGGCGACAACGCTGCGCTCATCGCCGTAGTAGCAGTAGTAGGAGTCACAAGTag > 1:485569/2‑101 (MQ=255) tggggCCGCCTTGCGGCCCCAGCTCACTCAGAACTTGTAAGTGGCGCTGGCGACAACGCTGCGCTCATCGCCGTAGTAGCAGTAGTAGGAGTCACAAGTag > 1:3212967/2‑101 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |