Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,610,970 | 0 | C | G | 5.1% | 720.3 / 20.5 | 214 | E201Q (GAG→CAG) | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic acid transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/92); new base G (6/5); total (117/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
AAGGCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCAGCG > NC_002947/5610822‑5611119 | aaGGCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCTCGCGCTCa > 2:880640/1‑150 (MQ=255) tCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGt < 2:11488/150‑1 (MQ=255) cACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCAc > 1:5159473/1‑150 (MQ=255) 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ttGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAgcgcgc > 1:1746372/1‑150 (MQ=255) ttGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAgcgcgc > 2:692891/1‑150 (MQ=255) ttGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAgcgcgc > 1:4544372/1‑150 (MQ=255) ttGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAgcgcgc > 1:5286710/1‑150 (MQ=255) gtGCACGCCCTGAGCGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAgcgcgc > 1:4426521/2‑150 (MQ=255) tGCACGCCCTGAGCGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCa > 2:595179/1‑150 (MQ=255) gCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCAt > 2:1110163/1‑150 (MQ=255) cACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCAtt < 2:2048319/150‑1 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCgg > 1:4065738/1‑89 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTg > 2:4958499/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTg < 1:1197543/150‑1 (MQ=255) cTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCAg < 1:2781408/150‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCAgc > 1:4062793/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCAgc > 1:1555195/1‑150 (MQ=255) | AAGGCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCAGCG > NC_002947/5610822‑5611119 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |