| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,650,956 | T→C | 6.8% | Q28R (CAG→CGG) ‡ | ygjP ← | metal‑dependent hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,650,956 | 0 | T | C | 6.8% | 582.7 / 21.0 | 191 | Q28R (CAG→CGG) ‡ | ygjP | metal‑dependent hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (81/97); new base C (9/4); total (90/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GTTTGGCGCACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATCGGATAAGCC > NC_002947/5650808‑5651105 | gTTTGGCGCACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTg > 1:81325/1‑150 (MQ=255)gTTTGGCGCACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTg > 1:3944298/1‑150 (MQ=255) gcACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGc > 2:82033/1‑150 (MQ=255) gcACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGc < 2:780770/150‑1 (MQ=255) aCTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCgg > 2:700792/1‑150 (MQ=255) aCTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCAGGCGCAGGTGCgg < 2:5080781/150‑1 (MQ=255) cTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCAGGCGCAGGTGCggc < 1:5005712/150‑2 (MQ=255) ttCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCgggg > 2:181958/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCggggg < 2:4739037/150‑1 (MQ=255) ctgCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAg < 1:4130267/139‑1 (MQ=255) aCTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCtt < 1:4653931/150‑1 (MQ=255) cTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATGGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTg > 2:184776/1‑150 (MQ=255) tGTTGGCGCAGATCCGGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGc < 1:2842544/150‑1 (MQ=255) 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atcatcTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCa < 1:1080733/150‑1 (MQ=255) atcatcTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCa < 1:625626/150‑1 (MQ=255) atcTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTc > 1:1278044/1‑150 (MQ=255) atcTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTc > 1:4362337/1‑150 (MQ=255) tcTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTcg > 1:1398854/1‑150 (MQ=255) ccccGCACCTGCAGGCGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTcgcg > 1:1875226/3‑150 (MQ=255) ccccGCACCTGCAGGCGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTcgcg > 1:1874913/3‑150 (MQ=255) gCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCgg < 1:4213642/150‑1 (MQ=255) cccGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCgg > 2:4404699/2‑150 (MQ=255) cccGCACCTGCAGGCGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGga < 2:3755759/114‑1 (MQ=255) cccGCACCTGCAGGCGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCgg > 1:3168437/2‑150 (MQ=255) cccGCACCTGCAGGCGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCgg > 2:3327229/2‑150 (MQ=255) ccGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGt > 1:3066175/1‑150 (MQ=255) aCCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATc < 2:411474/150‑1 (MQ=255) aCCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATc < 2:1904016/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATCg < 1:82033/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATCGGAt < 2:2775642/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCACTAGCGTCAGTCGCGGTCATCGGAt > 2:1197187/1‑150 (MQ=255) gcCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATCGGATaa < 2:3053192/150‑1 (MQ=255) tGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATCGGATAAGcc > 2:3430344/1‑150 (MQ=255) | GTTTGGCGCACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATCGGATAAGCC > NC_002947/5650808‑5651105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |