Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,742,452 | C→A | 24.2% | intergenic (+39/+32) | hutF → / ← PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,742,452 | 0 | C | A | 24.2% | 197.3 / 63.9 | 103 | intergenic (+39/+32) | hutF/PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/58); new base A (13/12); total (33/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGT > NC_002947/5742306‑5742601 | cgcgATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCcgc < 1:4347857/150‑1 (MQ=255) cgATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGa < 2:1904282/150‑1 (MQ=255) gATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGaa < 1:1323076/150‑1 (MQ=255) gATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGaa < 1:886290/150‑1 (MQ=255) gATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGaa < 1:886415/150‑1 (MQ=255) ctgtgATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAACCCTTCGCGGGCTTG‑CACGCGAAg < 2:1537191/149‑1 (MQ=39) aTGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAg < 2:4755793/150‑1 (MQ=255) aTGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAg < 1:3361946/150‑1 (MQ=255) aTGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAg < 2:4000815/150‑1 (MQ=255) aTGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAg < 1:1612533/150‑1 (MQ=255) aTGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGGGCTTG‑CACGCGAAg < 1:3242422/150‑1 (MQ=255) aTGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAACCCTTCGCGGGCTTG‑CACGCGAAg < 1:3097098/150‑1 (MQ=39) gtgATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGGGCTTG‑TACGCGAAggg < 2:1502848/150‑1 (MQ=255) gATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGtt < 2:612533/150‑1 (MQ=255) aTGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTg < 2:718424/150‑1 (MQ=255) aTGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTg < 2:718463/150‑1 (MQ=255) aTGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTg < 1:78969/150‑1 (MQ=255) tGGTGAAGGGGCACTGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGACGATGACCGCGGGCGGGCGTGTGCCACGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTgc < 2:1154015/150‑1 (MQ=255) 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ggcgggggTTTGCCATGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACGGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTGGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCa < 2:800458/150‑1 (MQ=255) cgTTTGCCAAGGTGTTGCGCCTGCTTTTGGGCTGAGCGTACGGGGGTTGCGTTGCCGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCTATGGGTTGCACCGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCaa < 2:5176645/150‑1 (MQ=255) gCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAggg > 1:3317345/1‑78 (MQ=255) gCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAggg < 2:3317345/78‑1 (MQ=255) cacggTGTTGCGCCTGCTTTGGGGCTGAGCGTACCGGGGTGGCGTGGCAGCCCTTGGCGGGCACG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAACACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTg < 2:3427309/147‑1 (MQ=255) cacggTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCGTTCGCGTGCAAG‑CCCGCTATGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTg < 2:1220632/147‑1 (MQ=255) 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gcgttgcAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTtctc < 2:1278326/150‑1 (MQ=255) gcggtgcAGCCCTTCGCGTGAAAG‑CCCGCGAAGGGTAGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTtctc < 2:4257399/150‑1 (MQ=255) cgttgcAGCCCTTGGCGTGCACG‑CCCGCGATGGTTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCa < 1:842083/150‑1 (MQ=255) gttgcAGCCCTTCGTGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCAc > 1:4383293/1‑150 (MQ=255) gttgcAGCCCTGGGGGTGCAAG‑CCGGCGATGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCAc < 1:1660698/150‑1 (MQ=255) 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acccTTCGCGGGCTTG‑CACGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGgt > 2:1392007/2‑103 (MQ=37) acccTTCGCGGGCTTG‑CACGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGgt < 1:1392007/102‑1 (MQ=37) acccTTCGCGGGCTTG‑CACGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTccc > 1:4571210/2‑150 (MQ=255) cccTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCa > 1:1731629/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGGGCTTG‑CACGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAATCTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCTTACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAgg > 2:3071646/1‑150 (MQ=39) ttCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGc > 2:1520641/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCTTG‑CACGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGc > 1:2477800/1‑150 (MQ=255) tCGCGGGCTTG‑CACGCGAAGGGCTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGACCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGcc > 1:2398883/1‑150 (MQ=39) gTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCa > 1:2587536/1‑150 (MQ=255) gTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGACATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCa > 2:1721965/1‑150 (MQ=255) gTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATGGTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCa > 2:3300097/1‑150 (MQ=255) tGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCt > 2:3671337/1‑117 (MQ=255) tGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCt < 1:3671337/117‑1 (MQ=255) tGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAg > 1:3699730/1‑150 (MQ=255) cAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAgtg > 1:1707209/1‑150 (MQ=255) cAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAgtg > 1:1707291/1‑150 (MQ=255) aaG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAgtgt > 2:2815807/1‑150 (MQ=255) aaG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAgtgt > 2:1637593/1‑150 (MQ=255) aaG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAgtgt > 2:2019809/1‑150 (MQ=255) aG‑CCCGCTATGGGTTGAAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTc < 1:4819840/150‑1 (MQ=255) g‑CCCGCGATGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCg < 1:3604584/150‑1 (MQ=255) g‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCACGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCg < 2:4505010/150‑1 (MQ=255) ccGCGACGGGTTGCACCGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgt < 2:887699/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGa < 1:3999941/113‑1 (MQ=255) ccGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGa > 2:3999941/1‑113 (MQ=255) ccGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgt > 1:885457/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgt < 2:887480/150‑1 (MQ=255) | CGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGCGTGCAAG‑CCCGCGAAGGGTTGCAACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGT > NC_002947/5742306‑5742601 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |