| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,745,341 | G→A | 8.6% | intergenic (‑196/+51) | fbp ← / ← glgP | class 1 fructose‑1,6‑bisphosphatase/glycogen phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,745,341 | 0 | G | A | 8.6% | 525.2 / 27.1 | 182 | intergenic (‑196/+51) | fbp/glgP | class 1 fructose‑1,6‑bisphosphatase/glycogen phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/73); new base A (4/11); total (95/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
AGGGAGAGTGACGGGCTAGCGAGTGATGAGACTCGCCACGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCA > NC_002947/5745193‑5745490 | aGGGAGAGTGACGGGCTAGCGAGTGATGAGACTCGCCACGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGa > 1:3158202/1‑150 (MQ=255) cgcaaggcggtattgaacacggcacggatgggctggttctcgtcggaccgcaccattcgcgaatatgccaccgagatctggaaggcattggattgaggtgaggccgttcgcgggcacgccCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGaa > 1:1430556‑M1/121‑150 (MQ=255) ggAGAGTGACGGGCTAGCGAGTGATGAGACTCGCCACGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAg > 1:1305167/1‑150 (MQ=255) 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gcgGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAAc < 1:3134282/150‑1 (MQ=255) ggggcgcgcgcTCCACCCGGTACCGCGCACGCCTTGATGCTTGGGCGACCCGGGGGGGCGCGGGGGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAg < 1:4148110/147‑1 (MQ=255) gcgcTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGccc > 1:2455676/1‑150 (MQ=255) gccCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTg < 2:5038326‑M1/106‑1 (MQ=255) tcgctcCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATcc > 2:5174823/1‑150 (MQ=255) CCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATccgtgccg < 1:4906939‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATccgtgccg < 1:5203666‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATccgtgccg < 2:4540529‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGAGCGCGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGAtct > 2:151200‑M1/1‑96 (MQ=255) CACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGc > 1:1706413‑M1/1‑119 (MQ=255) CACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGc < 2:1706413‑M1/119‑1 (MQ=255) ACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTcgc < 1:5071176‑M1/109‑1 (MQ=255) ACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATccgtgccgtg < 1:2569148‑M1/150‑1 (MQ=255) AGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGt > 2:2155273‑M1/1‑114 (MQ=255) GGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGt < 2:3344882‑M1/95‑1 (MQ=255) GGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGt > 1:3344882‑M1/1‑95 (MQ=255) aCAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAAt > 2:4228557/1‑150 (MQ=255) gCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTg < 2:1305167/150‑1 (MQ=255) cTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTgcg > 1:3580805/1‑150 (MQ=255) ttGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTcgc < 1:2075569/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATAGTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTgcgc > 2:3055860/1‑150 (MQ=255) | AGGGAGAGTGACGGGCTAGCGAGTGATGAGACTCGCCACGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCA > NC_002947/5745193‑5745490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |