| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,796,959 | A→G | 7.9% | I973I (ATT→ATC) | gltB ← | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,796,959 | 0 | A | G | 7.9% | 458.8 / 19.9 | 152 | I973I (ATT→ATC) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/70); new base G (6/6); total (76/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
GAGATGGTGATCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGC > NC_002947/5796810‑5797108 | gagaTGGTGAGCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTaa < 2:2836951/150‑1 (MQ=255) aTGGTGATCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATg > 2:3754128/1‑150 (MQ=255) aTGGTGATCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATg > 2:5383066/1‑150 (MQ=255) aTGGTGATCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATg > 2:5383121/1‑150 (MQ=255) ggTGATCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTc > 1:1792418/1‑150 (MQ=255) gATCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATg > 2:2284266/1‑150 (MQ=255) tCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGgt < 2:4064599/150‑1 (MQ=255) aGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGgtgt < 2:5350349/150‑1 (MQ=255) gTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTgtgg > 1:5234321/1‑150 (MQ=255) gTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTgtgg < 1:4393031/150‑1 (MQ=255) gTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTgtgg < 1:160496/150‑1 (MQ=255) cgaagcgggCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTgtggcg > 1:4604460/8‑150 (MQ=255) aTAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTgtggcggtgg < 2:597228/150‑1 (MQ=255) aTAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTgtggcggtgg > 1:4036951/1‑150 (MQ=255) tAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTgtggcggtggc < 1:5202112/150‑1 (MQ=255) tgCCTTGGCAACACCGGCAGCAACCGTACCAACGCCCACTTCCGACACCAGCTTGACCGAAATATCAGCCGCCGGATTGACGTTCTTCAGATCGTAGATCAGCTGTGCCAGATCTTCGATCGAGTAGATGTCATGATGTGGCGGAGGCga < 1:2543077/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCTGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCga < 1:1879337/150‑1 (MQ=255) ggCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCga < 1:1489253/150‑1 (MQ=255) 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ccACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAggg < 1:2428121/150‑1 (MQ=255) cacaCCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGt > 2:3572625/1‑150 (MQ=255) acacCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTc > 2:618053/1‑150 (MQ=255) acacCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTc < 1:705382/150‑1 (MQ=255) acCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCAc > 2:3550137/1‑150 (MQ=255) cTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGc < 1:3339406/150‑1 (MQ=255) tGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGcc < 2:376653/150‑1 (MQ=255) gcggcgATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGccc > 1:2635898/1‑150 (MQ=255) gATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTAc < 1:3572625/150‑1 (MQ=255) gTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCa > 1:1757941/1‑150 (MQ=255) 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aGCTGTGCCAGATCTTCGATCGAGTAGATGTCATGATGTGGCGGAGGCGAAATGAGGCCAACGCCCGGCGTCGTGTGACGGGTCTTGGCAATCGTCGCATCAACCTTATGGCCCGGCAGCTGACCGCCTTCACCCGGCTTTGCACCCTga < 1:5050086/150‑2 (MQ=255) aGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTgg < 2:1792418/150‑1 (MQ=255) gCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTggg < 1:671828/150‑1 (MQ=255) cTGTGCCAGATCTTCGATCGAGTAGATGTCATGATGTGGCGGAGGCGAAATGAGGCCAACGCCCGGCGTCGAGTGACGGGTCTTGGCAATCGTCGCATCAACCTTATGGCCCGGCAGCTGACCGCCTTCACCCGGCTTTGCACCCTGAGc > 1:1095749/1‑150 (MQ=255) gCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAAcc < 2:3407111/150‑1 (MQ=255) ccAGATCTTCGATCGAGTAGATGTCATGATGTGGCGGAGGCGAAATGAGGCCAACGCCCGGCGTCGAGTGACGGGTCTTGGCAATCGTCGCATCAACCTTATGGCCCGGCAGCTGACCGCCTTCACCCGGCTTTGCACCCTGAGCAACCt > 2:1976558/1‑150 (MQ=255) gATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGa < 1:3772774/150‑1 (MQ=255) aTCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGAt < 2:5283507/150‑1 (MQ=255) ttCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTg > 1:4525609/1‑150 (MQ=255) ttCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTg > 2:2075813/1‑150 (MQ=255) ttCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTg < 1:2886802/150‑1 (MQ=255) cgatcgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTgca < 1:108379/150‑1 (MQ=255) cgatcgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTgca < 1:2804223/150‑1 (MQ=255) cgatcgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTgca < 1:3754128/150‑1 (MQ=255) cgatcgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTgca < 1:5383121/150‑1 (MQ=255) cgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCAc < 1:1017910/150‑1 (MQ=255) aGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACtt > 1:3506285/1‑150 (MQ=255) gTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTc > 1:4424457/1‑150 (MQ=255) aaaTGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCgg < 2:4339221/150‑1 (MQ=255) aaTGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGc > 1:1329813/1‑150 (MQ=255) | GAGATGGTGATCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGC > NC_002947/5796810‑5797108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |