Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,796,968 | G→A | 7.9% | H970H (CAC→CAT) | gltB ← | L‑glutamate synthase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,796,968 | 0 | G | A | 7.9% | 450.1 / 20.9 | 152 | H970H (CAC→CAT) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (69/71); new base A (6/6); total (75/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAG > NC_002947/5796820‑5797117 | tCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGgt < 2:4064599/150‑1 (MQ=255) aGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGgtgt > 2:4028395/1‑150 (MQ=255) ggTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGtgtg < 1:75979/150‑1 (MQ=255) 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tCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCt > 1:517017/1‑150 (MQ=255) tCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCt < 1:1628098/150‑1 (MQ=255) aGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTgg < 2:1746117/150‑1 (MQ=255) aGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTgg < 2:1006554/150‑1 (MQ=255) aGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTgg < 2:1792418/150‑1 (MQ=255) cTGTGCCAGATCTTCGATCGAGTAGATGTCATGATGTGGCGGAGGCGAAATGAGGCCAACGCCCGGCGTCGAGTGACGGGTCTTGGCAATCGTCGCATCAACC‑TTATGGCCCGGCAGCTGACCGCCTTCACCCGGCTTTGCACCCTGAGc > 1:1095749/1‑150 (MQ=255) tgtgCCAGATCTTCGATCGAGTAGATGTCATGATGTGGCGGAGGCGAAATGAGGCCAACGCCCGGCGTCGAGTGACGGGTCTTGGCAATCGTCGCATCAACC‑TTATGGCCCGGCAGCTGACCGCCTTCACCCGGCTTTGCACCCTGAGCa > 2:1805805/4‑150 (MQ=255) ccAGATCTTCGATCGAGTAGATGTCATGATGTGGCGGAGGCGAAATGAGGCCAACGCCCGGCGTCGAGTGACGGGTCTTGGCAATCGTCGCATCAACC‑TTATGGCCCGGCAGCTGACCGCCTTCACCCGGCTTTGCACCCTGAGCAACCt > 2:1976558/1‑150 (MQ=255) gATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGa < 1:3772774/150‑1 (MQ=255) aTCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGAt < 2:5283507/150‑1 (MQ=255) ttCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTg > 2:2615415/1‑150 (MQ=255) ttCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTg > 2:2075813/1‑150 (MQ=255) ttCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTg > 1:4525609/1‑150 (MQ=255) ttCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTg < 1:2886802/150‑1 (MQ=255) cgatcgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTgca < 1:108379/150‑1 (MQ=255) cgatcgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTgca < 1:5383121/150‑1 (MQ=255) cgatcgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTgca < 1:5383066/150‑1 (MQ=255) cgatcgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTgca < 1:2804223/150‑1 (MQ=255) cgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCAc < 1:1017910/150‑1 (MQ=255) aGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACtt > 1:3506285/1‑150 (MQ=255) aaTGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGc > 1:1329813/1‑150 (MQ=255) tGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGt > 1:4036520/1‑150 (MQ=255) tCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTg > 2:101160/1‑150 (MQ=255) aTGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGAc < 1:2550934/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCACATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAg > 2:713790/1‑150 (MQ=255) | TCAGGTCGGCATAGGCCTTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAG > NC_002947/5796820‑5797117 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |