| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,796,986 | C→G | 5.0% | L964L (CTG→CTC) | gltB ← | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,796,986 | 0 | C | G | 5.0% | 535.3 / 13.3 | 159 | L964L (CTG→CTC) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/73); new base G (5/3); total (83/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACC > NC_002947/5796837‑5797135 | ttGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATc > 1:2519307/1‑150 (MQ=255) tGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCa < 2:1340796/150‑1 (MQ=255) tGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCa < 1:151076/150‑1 (MQ=255) 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cTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGc < 1:3339406/150‑1 (MQ=255) gcggcgATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGccc > 1:2635898/1‑150 (MQ=255) gcggcgATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGccc < 2:2189104/150‑1 (MQ=255) gtcgatgcGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCa > 2:3601521/8‑150 (MQ=255) gTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCa > 1:1757941/1‑150 (MQ=255) 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cAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGcc > 1:3512293/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGcc > 2:4982750/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGcc > 1:3617418/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGccc > 1:4182468/1‑150 (MQ=255) cTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCaa > 2:2760507/1‑150 (MQ=255) 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cgatcgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTgca < 1:5383121/150‑1 (MQ=255) cgaGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCAc < 1:1017910/150‑1 (MQ=255) aGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACtt > 1:3506285/1‑150 (MQ=255) gTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTc > 1:4424457/1‑150 (MQ=255) aaaTGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCgg < 2:4339221/150‑1 (MQ=255) aTGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCg > 2:4599667/1‑150 (MQ=255) tCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTg < 2:2498734/150‑1 (MQ=255) tCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTg < 2:5234321/150‑1 (MQ=255) tCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTg > 2:101160/1‑150 (MQ=255) aTGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGAc < 1:2550934/150‑1 (MQ=255) 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gcgAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCgggg > 1:396611/1‑150 (MQ=255) gagaTCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAAcc < 2:1158549/108‑1 (MQ=255) gagaTCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAAcc > 1:1158549/1‑108 (MQ=255) gagaTCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTc > 2:1868827/1‑150 (MQ=255) agaTCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTca < 1:2284266/150‑1 (MQ=255) gaTCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTcac < 1:5381923/150‑1 (MQ=255) gaTCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTcac < 2:3393965/150‑1 (MQ=255) gaTCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTcac < 2:73571/150‑1 (MQ=255) tCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCacac < 2:2635898/150‑1 (MQ=255) tCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCacac > 1:4284426/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCacac < 1:4028395/150‑1 (MQ=255) | TTGGCCACACCTGCGGCGATGGTGCCCACGCCCGCTTCGGCTACCAGCTTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACC‑TTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACC > NC_002947/5796837‑5797135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |