| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,818,895 | C→T | 10.0% | intergenic (+103/+26) | PP_5092 → / ← pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,818,895 | 0 | C | T | 10.0% | 279.5 / 16.3 | 100 | intergenic (+103/+26) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/42); new base T (7/3); total (55/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAAC > NC_002947/5818746‑5819043 | aGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGgcgc < 2:3048279/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGCCTAAAGAGCAGCTGCTGAGTCTGGCAAAGCTTTAAGCTTATGGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGGGGGCACGCCCGCTCCCACTGGTAGCGGGTGGCTCTCGGGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGGGGGCGCGccc < 1:1438722/150‑1 (MQ=255) ggctgcCGAAAGAGCCGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGCGCGGGCGCGCCcgc < 2:1834416/149‑1 (MQ=255) gcCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGaaa > 2:3989073/1‑150 (MQ=255) ggcggctgagggagcgcgggttgagccacggcttgtagtcccggcaacggccccttcgggggcaCGCCCGCTCCCACCGGTTGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAg > 1:315948‑M1/65‑150 (MQ=255) cTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGtac < 2:2023365/150‑1 (MQ=255) gAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCACGCGCGCCGCTCACCTACCGGTGGGCGCGGGCCCGCCCGCGACAGGGCCTGTGCAGGtacag > 2:3435627/1‑148 (MQ=255) tCTGGCCTAGCGTTAAGCTGATGGGCGCTAGCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACTGGTCGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGCGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACaa < 1:2902828/150‑1 (MQ=38) 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aaGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGGCGCTCTCGCGCGCAGCTCACCTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACAACACGCCTTTg > 2:2141499/1‑150 (MQ=255) aGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCACACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGa < 1:356592/150‑1 (MQ=255) tAAGCGGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTCCGCGGGCCCGCCCGCGCCCCCTGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATCCCTGTGGGAGGGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAAc < 1:4590653/150‑1 (MQ=255) aaGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCCCCCCCGCGCCCACCCGTAGCGCGTCGCGCGCGCGCGCCGCTCACCAACCGGGGGGGGCGGGCGCGCCCGCGCAAGGGCCTGTGGGGGTACAACAAGCCTTTGATCAAcc > 2:4590653/1‑150 (MQ=255) aaGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAAcc < 1:5432566/150‑1 (MQ=255) 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gcgcAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGaa < 2:3687362/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGaa < 2:4169491/150‑1 (MQ=255) agagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGaa < 1:3055536‑M2/120‑1 (MQ=255) agagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGaa < 1:972347‑M2/120‑1 (MQ=255) cAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGAc < 2:5321519/150‑1 (MQ=255) tCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACt > 2:947017/1‑150 (MQ=255) acaTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTgc < 1:1703554/150‑1 (MQ=255) acaTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCCCCCCCCCCAGCAACACTGAAGACCACAgc > 1:3461446/1‑150 (MQ=255) acctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCGCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACAGAAGACAACAGCgccc > 1:4370767‑M2/18‑149 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCCCCCTGCATCACAGAAGACAACAGCGCCCAc > 1:4804104‑M2/16‑150 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCACCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACAGCGCCAAc > 1:4360777‑M2/16‑150 (MQ=255) tgggagcgggcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGc > 2:4734840‑M2/13‑150 (MQ=255) ctttcgcgggcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACCACTGCGCCAACCGc > 2:3363222‑M2/13‑150 (MQ=255) gggagcgggcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGcc < 1:1135351‑M2/139‑1 (MQ=255) ggagcgggcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGccc < 1:3989073‑M2/140‑1 (MQ=255) ggagcgggcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACAGCGCCAACCGccc > 2:4271895‑M2/11‑150 (MQ=255) gcgTGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGa > 1:2682405‑M2/4‑150 (MQ=255) gcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGccc < 2:1597582‑M2/140‑1 (MQ=255) gcgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGccc > 1:1597582‑M2/4‑143 (MQ=255) cgCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGaa < 1:4113643‑M2/148‑1 (MQ=255) gCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCAGCAACACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCCAAc > 1:4325995‑M2/2‑150 (MQ=255) | AGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAAC > NC_002947/5818746‑5819043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |