| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,980,080 | T→A | 5.1% | D9V (GAC→GTC) | PP_5240 ← | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,980,080 | 0 | T | A | 5.1% | 651.2 / 14.3 | 192 | D9V (GAC→GTC) | PP_5240 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/105); new base A (5/5); total (82/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TCCCCGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCGCTGG > NC_002947/5979931‑5980229 | ccGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTcga > 1:4428157/1‑150 (MQ=255) ccGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTcga > 1:5160917/1‑150 (MQ=255) cGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTcgac > 2:5078505/1‑150 (MQ=255) 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aTTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATg < 1:4303912/150‑1 (MQ=255) ttCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGACGACGATGcct < 1:3848943/150‑3 (MQ=255) tCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGcaca > 1:2762533/1‑150 (MQ=255) cAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGACGACGATGcctcg < 1:4695380/150‑5 (MQ=255) ggTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACAccc < 2:190609/150‑1 (MQ=255) 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2:1116184/1‑150 (MQ=255) cGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGgtc < 2:2389449/150‑1 (MQ=255) tgggCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGgtcg > 2:1161814/3‑150 (MQ=255) gtgCATCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGCCTGCATCTTGTTCAGGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGgtcgt > 2:1820639/3‑150 (MQ=255) aGGCATTGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGgtcgt < 1:2841672/150‑1 (MQ=255) gCATCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCa > 2:4980463/1‑150 (MQ=255) cATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCAc > 1:631288/1‑150 (MQ=255) aTCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCAcc < 1:3594342/150‑1 (MQ=255) aTCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATgg > 2:519324/1‑79 (MQ=255) gtcgtcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCg > 1:548462/1‑150 (MQ=255) tcgtcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCGc > 2:838471/1‑150 (MQ=255) cgtcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCGCt < 1:2509907/150‑1 (MQ=255) | TCCCCGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCGCTGG > NC_002947/5979931‑5980229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |