| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,982,158 | G→C | 6.2% | Q275H (CAG→CAC) ‡ | PP_5242 → | GAF domain‑containing sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,982,158 | 0 | G | C | 6.2% | 858.9 / 33.6 | 258 | Q275H (CAG→CAC) ‡ | PP_5242 | GAF domain‑containing sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (118/124); new base C (6/10); total (124/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CATGCTGGTGTGCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCAAACC > NC_002947/5982009‑5982307 | cATGCTGGTGTGCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAg > 1:3959730/1‑150 (MQ=255) tGCTGGTGTGCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCg > 1:3185555/1‑150 (MQ=255) tGGTGTGCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCa < 2:3824449/150‑1 (MQ=255) gtgCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTgg < 1:723589/150‑1 (MQ=255) tgCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTggg < 2:176627/150‑1 (MQ=255) tgCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTggg < 1:1543829/150‑1 (MQ=255) tgCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCCCACTGCCGCTGGCAGTgag < 1:1103853/150‑3 (MQ=255) gCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGgc > 2:4323805/1‑150 (MQ=255) cAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGgcc > 1:3468412/1‑150 (MQ=255) cAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCCCACTGCCGCTGGCAGTGAgcc < 1:1920577/150‑1 (MQ=255) aGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGgccg > 1:584076/1‑150 (MQ=255) aGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGgccg < 2:4653252/150‑1 (MQ=255) ccGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTgg > 2:2366336/1‑144 (MQ=255) gcgggcggCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCca > 2:4059379/1‑150 (MQ=255) gggcggCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCCCACTGCCGCTGGCAGTGAgccaagtcca < 1:2303989/150‑8 (MQ=255) ggcggcCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACaa < 2:359071/150‑1 (MQ=255) ccAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCa > 2:1043740/1‑150 (MQ=255) ccAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCa > 1:4698459/1‑150 (MQ=255) cAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCAt > 2:3257385/1‑150 (MQ=255) cAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCAt > 2:4125853/1‑150 (MQ=255) aGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGTTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATg < 2:4797736/150‑1 (MQ=255) aGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATg < 1:4458462/150‑1 (MQ=255) gCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATgg < 2:2072956/150‑1 (MQ=255) 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ggACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCtt < 2:3923329/150‑1 (MQ=255) gACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTg < 1:4336232/150‑1 (MQ=255) cTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGaa > 2:3216863/1‑150 (MQ=255) ttGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCACAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAAt > 2:4181515/1‑150 (MQ=255) ggCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATcg < 2:3786306/150‑1 (MQ=255) ggCCCACTGCCGCTGGCAGTGAGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGa < 1:5220176/111‑1 (MQ=255) ggCCCACTGCCGCTGGCAGTGAGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGa > 2:5220176/1‑111 (MQ=255) cccACTGCCGCTGGCAGTGAGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATcgcg < 1:1443281/148‑1 (MQ=255) cccACTGCCGCTGGCAGTGAGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATcgcg > 2:3918109/3‑150 (MQ=255) tCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCt > 1:1662766/1‑90 (MQ=255) tCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCt < 2:1662766/90‑1 (MQ=255) tCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGgcgc < 1:2679754/105‑1 (MQ=255) tCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGa < 2:3868734/150‑1 (MQ=255) tCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGa < 1:2700907/150‑1 (MQ=255) cACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGAt > 1:2253868/1‑150 (MQ=255) cTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAg < 2:1424775/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGc > 1:1229880/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCaa > 1:1046931/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCaa > 1:2961142/1‑150 (MQ=255) cAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCaaa < 2:5369983/150‑1 (MQ=255) aGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGTGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCAAAc < 1:3875605/150‑1 (MQ=255) aGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCAAAc > 2:4563900/1‑150 (MQ=255) aGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCAAAc < 1:3148741/150‑1 (MQ=255) aGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCAAAc < 2:1133238/150‑1 (MQ=255) aGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCAAAc < 1:5108773/150‑1 (MQ=255) | CATGCTGGTGTGCAGCCGCGGGCGGCCAGCGAAGCGGACAGCAAGGTGCCGCACTCCCTCAGCCTGGTCCTGGCAAAGGCCTTGGCCAAAGAGCCGGACGCCCGCTACCAGAGCGCGCGCGCCTTTGCAGTGGACTTGGCTCACTGCCAGCGGCAGTGGGCCGCCCACAAAACCATGGCACCCTTCACCCCAGGCTGCGCCGACCCGGTAGCGCCCGGCCACGCGCGCCTGTTTGGCCGCGGCGCCGAGCAAAAGGCTATCACCCTGCTGCTCAAGGCCTTGAATCGCGATAGCAAACC > NC_002947/5982009‑5982307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |