| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,986,414 | T→C | 22.3% | intergenic (+32/+57) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,986,414 | 0 | T | C | 22.3% | 217.2 / 61.4 | 129 | intergenic (+32/+57) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/50); new base C (13/14); total (62/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-03 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCG > NC_002947/5986266‑5986561 | aTGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTc < 1:631852/150‑1 (MQ=255)aTGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTc < 1:1328950/150‑1 (MQ=255)aTGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTc < 1:3357785/150‑1 (MQ=255) 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cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:3275132/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:2241813/1‑150 (MQ=255) cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:566278/1‑150 (MQ=38) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:308845/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:2140807/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:1555148/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGGTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATgg > 2:3492888/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGCTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt < 2:2724311/150‑1 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:2379324/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGc > 1:845796/1‑82 (MQ=17) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGc < 2:845796/82‑1 (MQ=17) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4345836/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:3298775/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTA‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGGTCATCACGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGACCTTCGATGt > 2:443170/1‑150 (MQ=25) gCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 2:1756286/1‑150 (MQ=255) | ATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCG > NC_002947/5986266‑5986561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |