| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,986,420 | G→A | 23.9% | intergenic (+38/+51) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,986,420 | 0 | G | A | 23.9% | 214.1 / 73.6 | 130 | intergenic (+38/+51) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/46); new base A (15/15); total (69/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCA > NC_002947/5986271‑5986569 | ttGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAA‑ACCCCGCCAACgg > 1:790185/1‑150 (MQ=255) tGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGt < 2:21942/150‑1 (MQ=255) ggCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTc < 1:5267676/150‑1 (MQ=255) 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tAAA‑CCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTc < 2:5189084/150‑1 (MQ=255) tAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTc > 1:900896/1‑150 (MQ=38) tAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTc > 2:1840743/1‑150 (MQ=25) aa‑CCCGCTCCTCCGGTCGGGTGTTGGGGCGGTTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa < 1:2755884/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTCCGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTC‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg < 1:2581292/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:3275132/1‑150 (MQ=255) cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:566278/1‑150 (MQ=38) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:1555148/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:2140807/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGGTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATgg > 2:3492888/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGCTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt < 2:2724311/150‑1 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGc < 2:845796/82‑1 (MQ=17) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4345836/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:3298765/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:3298775/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTA‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGGTCATCACGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGACCTTCGATGt > 2:443170/1‑150 (MQ=25) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca < 2:158612/91‑1 (MQ=21) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:4163956/143‑1 (MQ=38) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 1:3674676/4‑150 (MQ=38) ccTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTg > 2:3140807/1‑150 (MQ=255) ctccGGTCGGCTGTTGGGGGGGTTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc < 1:5051346/147‑1 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 1:4822575/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGGAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAAACGCTGCGACAGCAGGTTACACAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 2:2685467/1‑150 (MQ=255) cGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgggg > 2:3852409/1‑104 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa < 1:2676510/150‑1 (MQ=255) | CTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCA > NC_002947/5986271‑5986569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |