| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,986,425 | G→A | 22.7% | intergenic (+43/+46) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,986,425 | 0 | G | A | 22.7% | 251.3 / 73.0 | 132 | intergenic (+43/+46) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/45); new base A (15/15); total (72/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
ATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGT > NC_002947/5986278‑5986571 | aTCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCt < 2:1564081/150‑1 (MQ=255)aTCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCt < 1:1653697/150‑1 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGTATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTgga > 2:277942/1‑148 (MQ=255) gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAg > 1:2212820/1‑150 (MQ=255) gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGTAA‑CCCCCGCCGACCGTCGGcgggtg > 1:3435806/1‑145 (MQ=255) aGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAgga < 1:1304695/150‑2 (MQ=38) aGTTCGGGGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAggg < 2:3687061/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGc > 1:4965227/1‑150 (MQ=255) gtCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGc < 1:3060459/149‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGCC‑ga < 2:2414234/150‑2 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑gg < 2:4861582/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑gg < 2:1721104/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑gg < 2:5350078/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑gg < 1:1986000/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGAGTCGGGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCGCCTACGGGCGGCGGGAGGGGC‑gg > 2:5072208/1‑150 (MQ=39) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGt < 2:1858636/150‑1 (MQ=255) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGt < 2:4318091/150‑1 (MQ=38) ggCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGttt < 1:5342269/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGG‑GGGGTT‑Acc > 2:3187506/1‑150 (MQ=255) aGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCAGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCcg < 2:1071251/150‑1 (MQ=255) ggCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCcgc < 1:4727836/150‑1 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTAA‑ACCcgcccc < 2:2815372/150‑4 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑gg > 2:4775699/1‑137 (MQ=37) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑gg < 1:4775699/137‑1 (MQ=37) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGaa < 1:3939270/150‑1 (MQ=37) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCCCTCCGACGGTCGGCGGGGGGGGC‑GGGTTT‑GCCCGCGaa > 2:1456855/1‑150 (MQ=39) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGGTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGGAGGGGC‑GGGTTT‑ACCcgcggc > 2:3833553/1‑148 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTAA‑ACCcgccccta < 1:2098521/150‑6 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAaga < 2:5308375/150‑1 (MQ=25) cggcggGCTGCTGCCGGCGGTGGTGTCGCTGTGGGGTGGATGCGGTTTTGGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCTTAGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGTTAAC‑CCCGCTCCTACGGTGGGCTGTCGGGGG‑GGTTTT‑ACCCGCGAagag < 2:233636/150‑1 (MQ=255) cggcggGCCGGTGGCGGGGCTGGTGTCGCATTTGGGTGGTGGCCGGTTTGGTTTCAGTCTGCGTTGTATTCACGCATCGCCTGGGCCGGCCTCTTCGGGGTTAAA‑CCCGCGCCTACGGTCGGCTGTTGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAagag < 2:2964495/150‑1 (MQ=19) cggGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTAGCCGGGAAA‑ACACCACCAAACGCAGGCGGGAGGGGC‑GGGGTT‑GACCGCGaaaaagac > 1:3709108/1‑144 (MQ=255) gggCTGCTGCCGGGGCGGGTGTCGCCGTTGGGTGGAGGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAAGCCCGCATCGCCGGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGCGGCTGTTGGGGG‑GGTTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCa < 2:1406120/150‑1 (MQ=25) gggCTGCTGCCGGCGCTGGTGCCGCCGTTGGGGGGATGCCGGTTTCGTGTCTGTCTGCCTTTGACTCACGCATCGCCGGTGCCGGCCTCGTCGCGGGTAAC‑CCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGTTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCa < 2:125001/150‑1 (MQ=37) aGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGGAGGGGC‑GGGGTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTAc > 2:3955721/1‑150 (MQ=255) tGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCAACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAgg > 2:490897/1‑150 (MQ=255) tGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCCCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCCCGAACAGGCCAGTACAgg > 2:490909/1‑150 (MQ=255) gCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑ACCCCGCCAACCGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGGTT‑ACCCGCCAAGAGGCCCGTACACGt > 1:5086053/1‑150 (MQ=255) gCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑ACCCCACCAACGGTCGGGGGGAGGGGCGGGGTTT‑ACCC‑CGAAGAGGCCACTACAGGt > 1:5086059/1‑150 (MQ=255) gcTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGGTGTTGGGGC‑GGGTTT‑TACAGCGTAGAGGCCAGTTCATGTTTTCAt > 2:2366705/1‑150 (MQ=38) gcTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGAAA‑CCCGCTCCGACGGTCGGCTGTACGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGCAGAGGCCAGTCCAGGGTTACag > 2:5158477/1‑149 (MQ=38) gtCGCTGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAgcgc < 2:3277651/150‑1 (MQ=255) gCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑gg < 1:46553/107‑1 (MQ=255) gCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑gg > 2:46553/1‑107 (MQ=255) aGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCATCCCGGGTAAA‑CACCCTACTACGGTCGGCTGGAGGGGC‑GGGTTT‑AACCCCGAAGAGGCCAGTACAGGGTTACAAAAGCGCGAGGc > 2:3421950/1‑150 (MQ=255) gTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑ACCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGC‑GGGTTT‑TCCCCCGAAGCGGCCACTAAACGGTTTCATCAGCGCGAGGCCAgccc > 1:1791141/1‑148 (MQ=37) tGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCAACGGTCGGCGGTAGGGGC‑GGGTTT‑AACCGCGAAGAGGCCACTACAGGTTTAAATAAGCGCGAGGCCAgcgcg > 2:1924301/1‑149 (MQ=38) gATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGc > 2:3582745/1‑150 (MQ=255) aTTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGt < 1:844608/150‑1 (MQ=255) tCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTCGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtc < 2:4299468/150‑1 (MQ=255) tCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtc < 2:3300094/150‑1 (MQ=255) tCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtc < 2:2692041/150‑1 (MQ=255) cTTTGAATCACGCATCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa < 2:3978452/150‑1 (MQ=255) tttGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGG‑GGGTTT‑ACCCGCGCAGAGGCCAGTTCCCGTTTACAAAAGCGCGCGGCCAGCGCGGCGTAGCGGTTCATCAGGTTGCGGtcg > 2:1613251/1‑148 (MQ=37) tGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGtt < 2:1658234/150‑1 (MQ=255) aaTCCCGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 2:2053082/150‑1 (MQ=255) aaTCACGCATCGCGTGGGCGGGCCTCTGGGGGGGTAAA‑CCCGCTCCTCCGGTCGG‑GGTTGGGGG‑GGGTTTAACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 1:1107892/150‑1 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑ACCGCTCCAACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑AACCCCGGAGAGGCCAGTACAGGGTTACAACAGCGCGTGGCCAGCGCGGCGGGGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgggg > 1:4893442/1‑150 (MQ=37) gCCGGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGc < 2:4785379/150‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGGTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg > 2:3707543/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGCAGAGGCCAGTACACGTTTAAATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 1:3885199/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 1:2974766/1‑150 (MQ=255) gagcgGGTTTA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCa > 2:3992437/3‑150 (MQ=255) tcggggTAAACCCCGCCCCACCGGTCGGCTGTCGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCa < 1:277942/147‑1 (MQ=255) ggTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCt > 2:913902/1‑150 (MQ=255) tAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTc > 1:900896/1‑150 (MQ=38) tAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTc > 2:1840743/1‑150 (MQ=25) aa‑CCCGCTCCTCCGGTCGGGTGTTGGGGC‑GGTTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa < 1:2755884/150‑1 (MQ=255) aa‑CCCGCACCTAGGGTGGGCTGTCGGGGC‑GTGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa < 1:2755707/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTCCGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTC‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg < 1:2581292/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:3275132/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:4942707/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:2241813/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg < 2:790185/150‑1 (MQ=255) cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:566278/1‑150 (MQ=38) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:1555148/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGGTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATgg > 2:3492888/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGCTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt < 2:2724311/150‑1 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:2379324/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:765332/1‑150 (MQ=37) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGc < 2:845796/82‑1 (MQ=17) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGc > 1:845796/1‑82 (MQ=17) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:3298765/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:3298775/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4345836/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTA‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGGTCATCACGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGACCTTCGATGt > 2:443170/1‑150 (MQ=25) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca > 1:158612/4‑94 (MQ=21) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt > 1:4163956/4‑146 (MQ=38) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 1:3674676/4‑150 (MQ=38) gCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 2:1756286/1‑150 (MQ=255) ccTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTg > 2:3140807/1‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 2:2859095/1‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 2:2760558/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGGAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAAACGCTGCGACAGCAGGTTACACAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 2:2685467/1‑150 (MQ=255) cGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgggg > 2:3852409/1‑104 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa < 2:4965227/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa < 1:2676510/150‑1 (MQ=255) gTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAg > 1:1152545/1‑150 (MQ=255) tCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGt > 1:2993379/1‑150 (MQ=255) tCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGt > 1:1532205/1‑150 (MQ=255) | ATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGC‑GGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGT > NC_002947/5986278‑5986571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |