| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,005,546 | G→T | 8.4% | T123T (ACC→ACA) | amaB ← | L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,005,546 | 0 | G | T | 8.4% | 613.7 / 33.6 | 190 | T123T (ACC→ACA) | amaB | L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/91); new base T (6/10); total (89/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTC > NC_002947/6005397‑6005695 | ttCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATg < 1:4269829/150‑1 (MQ=255) tCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATgg > 1:1373024/1‑150 (MQ=255) tCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATgg < 2:1355822/150‑1 (MQ=255) aTACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCa > 1:2701613/1‑150 (MQ=255) tACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAg > 1:986141/1‑150 (MQ=255) caccGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGcc > 1:512307/1‑150 (MQ=255) caccGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGcc > 1:3239115/1‑150 (MQ=255) ccGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGt < 1:4983923/150‑1 (MQ=255) ccGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGGTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGCAGTTGAAGGCGCTGAACACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGCTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGCAGCGATGGTCAGGCCGt > 2:4955194/1‑150 (MQ=255) cGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTa > 1:16739/1‑150 (MQ=255) gCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTg < 1:4249025/150‑1 (MQ=255) cGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGgc > 1:4576967/1‑150 (MQ=255) gCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGgcgc < 1:4469846/150‑1 (MQ=255) 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gtggtgGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAg > 1:3926149/1‑150 (MQ=255) ggtggCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTAGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTtcgat < 2:4098194/130‑1 (MQ=255) ggtggCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTAGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTtcgat > 1:4098194/1‑130 (MQ=255) gtggCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTc < 2:4220529/150‑1 (MQ=255) tggCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGa > 1:3987897/1‑112 (MQ=255) tggCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCg > 1:1043364/1‑150 (MQ=255) gCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGCGATCTTGCCGGCTtcgatc < 2:5203614/127‑1 (MQ=255) ccGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCt > 1:2941850/1‑150 (MQ=255) cGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCtt < 2:16739/150‑1 (MQ=255) gggCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTtg < 2:3851136/150‑1 (MQ=255) gcgcgtTCGGTAGCGATTGTGAGGCCGTAAAGCTGACGCGACAGACCAACTGCGAAATCGCAGATGTCGATCATTTCCTGTACTTCGCCGAGGCCTTCCGAAGGAATCTTGCCAGCTTCGAGCGAAACGAGACGGCCGAGGTCTTCCTtg < 1:1948738/148‑1 (MQ=255) ggCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTtgt < 1:4915525/150‑1 (MQ=255) ggCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTtgt < 2:1430125/150‑1 (MQ=255) tCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCgg < 2:2632038/139‑1 (MQ=255) tCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCa > 1:3446782/1‑150 (MQ=255) tCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCa > 1:2553464/1‑150 (MQ=255) tCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCa > 1:2240998/1‑150 (MQ=255) ggAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACg > 2:4064524/1‑150 (MQ=255) ggAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACg > 2:1293873/1‑150 (MQ=255) gAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACgc > 1:5359240/1‑150 (MQ=255) aaGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACgca > 1:4099313/1‑150 (MQ=255) gATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCCCTTCACCCAGGCCGTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCGCGCCGAGGTCGGCCGGGTGCTCACGCAGCAc > 2:5442148/1‑150 (MQ=255) gATGGTCAGGCCGTAAAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCAc > 2:2211669/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTc < 1:3290011/150‑1 (MQ=255) | TTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTC > NC_002947/6005397‑6005695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |