| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,127,845 | A→C | 6.4% | Q221P (CAG→CCG) | PP_5374 → | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,127,845 | 0 | A | C | 6.4% | 557.1 / 21.0 | 173 | Q221P (CAG→CCG) | PP_5374 | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/80); new base C (5/6); total (87/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
ATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCTGGTGG > NC_002947/6127697‑6127994 | aTGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAg < 2:3389264/150‑1 (MQ=255) gcTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGgtgt < 1:2773391/150‑1 (MQ=255) tCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGttt < 2:734929/150‑1 (MQ=255) tCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGttt < 2:592268/150‑1 (MQ=255) tCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGttt > 2:4531483/1‑150 (MQ=255) tCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGttt < 2:1318809/150‑1 (MQ=255) gATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGa < 2:4158842/150‑1 (MQ=255) gATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGa < 2:1354167/150‑1 (MQ=255) 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tttACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGc > 1:1409452/1‑150 (MQ=255) tACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCATTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGccc < 2:1881591/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCa < 1:5012995/150‑1 (MQ=255) cccGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCAt > 1:2112737/1‑150 (MQ=255) cGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCa > 1:2010009/1‑150 (MQ=255) 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NC_002947/6127697‑6127994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |