| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,157,182 | A→T | 10.0% | intergenic (‑14/+192) | PP_5398 ← / ← PP_5399 | transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,157,182 | 0 | A | T | 10.0% | 231.6 / 14.7 | 80 | intergenic (‑14/+192) | PP_5398/PP_5399 | transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/41); new base T (3/5); total (34/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
GCCGTGGCTGATGGCGACACTGGACACGGTTGCGCCAGGTTGCAGGCATTCCTGAACGACCTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGC > NC_002947/6157067‑6157330 | gagctcaccacgatgttggccagaagcaaaaagcttcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttccgaactccaGCATTAAGGGCGATGGTGTCCGCTTAAAAATACGCGGa < 1:3416603‑M2/38‑1 (MQ=255) tcaccacgatgttggccagaagcaaaaagcttcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttccgaactccaGCATTAAGGGCGATGGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACAcc > 2:144146‑M2/109‑150 (MQ=255) ccacgatgttggccagaagcaaaaagcttcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttccgaactccaGCATTAAGGGCGATGGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATc < 1:144146‑M2/45‑1 (MQ=255) acgatgttggccagaagcaaaaagcttcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttccgaactccaGCATTAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGc < 1:2460503‑M2/47‑1 (MQ=255) cagaagcaaaaagcttcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttcagaactccaGCATTAAGGGCGATGGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTg < 2:1462826‑M2/58‑1 (MQ=255) tcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttccgaactccaGCATTAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGa < 2:1296437‑M2/73‑1 (MQ=255) aaCGACCTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTc < 1:3864039/150‑1 (MQ=31) gACCTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCt < 1:1219270/150‑1 (MQ=33) gACCTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCt < 1:3028393/150‑1 (MQ=33) gACCTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGGTCCCCGGACGCTTACTCGCt < 1:1560222/150‑1 (MQ=18) cTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTa > 2:2238349/1‑150 (MQ=35) cTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTa < 2:1832274/150‑1 (MQ=35) tGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTAt < 2:814366/150‑1 (MQ=37) tGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTAt < 1:1965105/150‑1 (MQ=37) tGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTAt < 2:4773451/150‑1 (MQ=37) tGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTAt < 2:433378/150‑1 (MQ=37) tGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTAt < 2:3556412/150‑1 (MQ=37) tGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTAt < 1:1402460/150‑1 (MQ=37) tGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTAt > 1:4420635/1‑150 (MQ=37) gggCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATg > 1:2444968/1‑150 (MQ=38) ggCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGc < 1:1702712/150‑1 (MQ=38) cTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGt > 1:2604744/1‑150 (MQ=40) cTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGt < 1:1706343/150‑1 (MQ=40) tttGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGtt > 2:2884885/1‑150 (MQ=40) 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ttGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAAGCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTc < 2:3340541/150‑1 (MQ=255) tGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCg > 1:143901/1‑150 (MQ=255) tGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCg < 1:4936749/150‑1 (MQ=255) gatgggTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGGAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAATTTCGCGGACACCATCGCCCTTATTGCTGGAGTTCGGATGGTGAGTTCGCCGGTCGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgt > 2:4036847/5‑149 (MQ=14) gAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCga > 2:4537793/1‑150 (MQ=255) 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aaCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgag > 1:2351871/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgag > 2:4836939/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgag > 1:262944/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGAGTTCgag > 2:4836778/1‑150 (MQ=255) aCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgaga > 2:4130041/1‑150 (MQ=255) tttCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACggg > 1:3831888/1‑150 (MQ=255) tttCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACggg > 1:3265153/1‑150 (MQ=255) ttCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGa < 1:692639/150‑1 (MQ=255) ttCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGa < 2:1666345/150‑1 (MQ=255) aaGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGt > 1:5420281/1‑150 (MQ=255) 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tGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAg > 1:5413434/1‑150 (MQ=255) tGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGAAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAg < 2:4421456/150‑1 (MQ=255) caGCATTAAGGGCGATGGTGTCCGCGTATTTTTAAGCGGACGCGATCACCCTTATTGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAg > 1:2326205‑M2/3‑150 (MQ=255) aGCATTAAGGGCGATGGTGTCCGCGTATTTTTAAGCGGACGCGATCACCCTTATTGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAgg > 2:1516576‑M2/2‑150 (MQ=255) gCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGTGAAATCATGt < 2:991581/150‑1 (MQ=255) aaTAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGc > 2:4341153/1‑150 (MQ=255) aaTAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGc < 2:4607581/150‑1 (MQ=255) aaTAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGc > 2:2554031/1‑150 (MQ=255) | GCCGTGGCTGATGGCGACACTGGACACGGTTGCGCCAGGTTGCAGGCATTCCTGAACGACCTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGC > NC_002947/6157067‑6157330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |