Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,157,189 | T→C | 6.6% | intergenic (‑21/+185) | PP_5398 ← / ← PP_5399 | transposase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,157,189 | 0 | T | C | 6.6% | 285.4 / 6.4 | 94 | intergenic (‑21/+185) | PP_5398/PP_5399 | transposase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/50); new base C (3/3); total (40/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
GCCGTGGCTGATGGCGACACTGGACACGGTTGCGCCAGGTTGCAGGCATTCCTGAACGACCTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGCGGAAGTAC > NC_002947/6157067‑6157338 | gagctcaccacgatgttggccagaagcaaaaagcttcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttccgaactccaGCATTAAGGGCGATGGTGTCCGCTTAAAAATACGCGGa < 1:3416603‑M2/38‑1 (MQ=255) tcaccacgatgttggccagaagcaaaaagcttcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttccgaactccaGCATTAAGGGCGATGGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACAcc > 2:144146‑M2/109‑150 (MQ=255) ccacgatgttggccagaagcaaaaagcttcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttccgaactccaGCATTAAGGGCGATGGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATc < 1:144146‑M2/45‑1 (MQ=255) acgatgttggccagaagcaaaaagcttcctcgaataggcctgatacatagatgcaaccgggttcctatggtaagcgtccggcgaactcaccttccgaactccaGCATTAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGc < 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gACCTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGGTCCCCGGACGCTTACTCGCt < 1:1560222/150‑1 (MQ=18) cTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTa > 2:2238349/1‑150 (MQ=35) cTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTa < 2:1832274/150‑1 (MQ=35) tGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTAt < 2:3556412/150‑1 (MQ=37) tGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTAt < 2:433378/150‑1 (MQ=37) 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gggCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATg > 1:2444968/1‑150 (MQ=38) ggCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGc < 1:1702712/150‑1 (MQ=38) cTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGt > 1:2604744/1‑150 (MQ=40) cTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGt < 1:1706343/150‑1 (MQ=40) tttGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGtt < 2:2017820/150‑1 (MQ=40) 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ttGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAAGCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTc < 2:3340541/150‑1 (MQ=255) tGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCg > 1:143901/1‑150 (MQ=255) tGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCg < 1:4936749/150‑1 (MQ=255) gatgggTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGGAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAATTTCGCGGACACCATCGCCCTTATTGCTGGAGTTCGGATGGTGAGTTCGCCGGTCGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgt > 2:4036847/5‑149 (MQ=14) gAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCga < 1:2666885/150‑1 (MQ=255) 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aaCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgag > 2:1866370/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgag > 1:262944/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgag > 2:4836939/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGAGTTCgag > 2:4836778/1‑150 (MQ=255) aCGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCgaga > 2:4130041/1‑150 (MQ=255) tttCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACggg > 1:3265153/1‑150 (MQ=255) tttCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACggg > 1:3831888/1‑150 (MQ=255) ttCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGa < 1:692639/150‑1 (MQ=255) ttCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGa < 2:1666345/150‑1 (MQ=255) aaGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGt < 1:4678131/150‑1 (MQ=255) 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tGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAg > 2:1101144/1‑150 (MQ=255) tGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGAAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAg < 2:4421456/150‑1 (MQ=255) caGCATTAAGGGCGATGGTGTCCGCGTATTTTTAAGCGGACGCGATCACCCTTATTGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAg > 1:2326205‑M2/3‑150 (MQ=255) aGCATTAAGGGCGATGGTGTCCGCGTATTTTTAAGCGGACGCGATCACCCTTATTGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAgg > 2:1516576‑M2/2‑150 (MQ=255) gCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGTGAAATCATGt < 2:991581/150‑1 (MQ=255) aaTAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGc > 2:4341153/1‑150 (MQ=255) aaTAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGc > 2:2554031/1‑150 (MQ=255) aaTAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGc < 2:4607581/150‑1 (MQ=255) tAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAg < 2:143527/135‑1 (MQ=255) tAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAg > 1:143527/1‑135 (MQ=255) 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ggTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGCGGAAGt > 1:2551517/1‑150 (MQ=255) ggTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGCGGAAGt > 2:98716/1‑150 (MQ=255) gTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGCGGAAGTa < 2:395627/150‑1 (MQ=255) gTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGCGGAAGTa < 1:4136218/150‑1 (MQ=255) tGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGACATCAGGTGCGGAAGTAc > 1:4260158/1‑150 (MQ=255) | GCCGTGGCTGATGGCGACACTGGACACGGTTGCGCCAGGTTGCAGGCATTCCTGAACGACCTGGGCTTTGAACGGTTTCGGATAAGAGCTTCGTTGGCGCATGGAAATCCTGGCAATAAGGGTGATCGCGTCCGCTTAAAAATACGCGGACACCATCGCCCTTAATGCTGGAGTTCGGAAGGTGAGTTCCCCGGACGCTTACTCGCTGTATGCGTTCGAGACGGGAGCAGAGTTGTACTTTCTGGACGCAGGGAAATCAGGTGCGGAAGTAC > NC_002947/6157067‑6157338 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |