| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 471,594 | G→A | 9.5% | D448D (GAC→GAT) | rpoD ← | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 471,594 | 0 | G | A | 9.5% | 541.3 / 34.2 | 189 | D448D (GAC→GAT) | rpoD | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (78/93); new base A (9/9); total (87/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
CGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTT > NC_002947/471445‑471743 | ttttGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCgg < 2:724120/150‑1 (MQ=255) ttttGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCgg < 1:3274210/150‑1 (MQ=255) tGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGa < 1:1896532/150‑1 (MQ=255) 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cGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAg < 2:2944854/150‑1 (MQ=255) gAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGAt < 2:2635232/145‑1 (MQ=255) gAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGAt > 1:2635232/1‑145 (MQ=255) atacGGATGGTGCGCGCCTGATCGGCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCg > 1:3240286/4‑150 (MQ=255) tGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGa < 2:1080631/150‑1 (MQ=255) tGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGa < 1:4029762/150‑1 (MQ=255) tGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGa < 1:5279963/150‑1 (MQ=255) tGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGa > 1:4551397/1‑150 (MQ=255) gCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAg < 2:1306317/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGaa < 2:942900/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGaa < 1:731387/150‑1 (MQ=255) aTGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAAc > 1:4708495/1‑150 (MQ=255) gcgtgcCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAg < 1:2157765/150‑1 (MQ=255) gTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTtc < 2:1239666/97‑1 (MQ=255) gTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTtc > 1:1239666/1‑97 (MQ=255) gTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGtt > 1:1098123/1‑150 (MQ=255) | CGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTT > NC_002947/471445‑471743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |