Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 471,600 | G→A | 10.9% | I446I (ATC→ATT) | rpoD ← | RNA polymerase sigma 70 factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 471,600 | 0 | G | A | 10.9% | 529.9 / 42.7 | 192 | I446I (ATC→ATT) | rpoD | RNA polymerase sigma 70 factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/88); new base A (11/10); total (94/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTA > NC_002947/471452‑471749 | tGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGa < 1:1896532/150‑1 (MQ=255) tCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATc > 2:1902352/1‑150 (MQ=255) ccTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCg < 2:3277278/150‑1 (MQ=255) tCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGaa > 1:4297909/1‑150 (MQ=255) tCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGaa > 1:2718994/1‑150 (MQ=255) tCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGaa > 1:2620143/1‑150 (MQ=255) tCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGaa > 1:2335006/1‑150 (MQ=255) cAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAAc < 1:2322535/150‑1 (MQ=255) 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gcTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGAc > 2:4206843/1‑150 (MQ=255) gcTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGACTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGAc < 2:3946052/150‑1 (MQ=255) tCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGACTGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACgg > 2:4129258/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATcc > 1:5189811/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATcc > 1:5049857/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATcc > 1:1080631/1‑150 (MQ=255) cAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATcca < 2:4937954/150‑1 (MQ=255) ctctTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATccacca < 1:272997/150‑1 (MQ=255) ctctTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATccacca < 1:3222032/150‑1 (MQ=255) ttCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGt > 1:2850456/1‑150 (MQ=255) 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2:214171/150‑1 (MQ=255) cagcaTCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACg < 2:767274/150‑1 (MQ=255) cagcaTCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACg > 1:324741/1‑150 (MQ=255) aTCTGGCGCGATGTACGAACGATCTTGTTGATCGTTTCGATCATGTGCACCGGAATACGGATGGTGCGCGCCTGATCGGCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGatat > 2:1220327/1‑150 (MQ=255) tCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTAtt > 2:1998446/1‑150 (MQ=255) ggCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGCGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGa < 1:1616321/150‑1 (MQ=255) 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gATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGaa < 1:731387/150‑1 (MQ=255) aTGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAAc < 2:3507806/150‑1 (MQ=255) aTGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAAc > 1:4708495/1‑150 (MQ=255) gcgtgcCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAg < 1:2157765/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCAc > 2:5398720/1‑150 (MQ=255) gTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTtc < 2:1239666/97‑1 (MQ=255) gTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTtc > 1:1239666/1‑97 (MQ=255) gTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGtt > 1:1098123/1‑150 (MQ=255) atCGGCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCGAGGAACTGAAGGCCACGGtt < 1:3353532/149‑1 (MQ=255) ggCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTTGCCGCGTCGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGAGGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGTGGACCTGCCGGCCTCGGTTGgt > 2:1414089/1‑150 (MQ=255) ggCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGgt > 1:4448453/1‑150 (MQ=255) ggCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCGAGGAACTGAAGGCCACGGTTGgt > 1:3769656/1‑150 (MQ=255) cGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGgtgt > 2:883071/1‑150 (MQ=255) gATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTa < 1:3467875/150‑1 (MQ=255) | TGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTA > NC_002947/471452‑471749 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |