| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 471,624 | G→A | 15.2% | I438I (ATC→ATT) | rpoD ← | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 471,624 | 0 | G | A | 15.2% | 431.0 / 61.3 | 177 | I438I (ATC→ATT) | rpoD | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/76); new base A (12/15); total (86/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCAG > NC_002947/471475‑471773 | tCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGACTGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACgg > 2:4129258/1‑150 (MQ=255) cGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGTTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGa < 2:946108/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATcc > 1:5049857/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATcc > 1:1080631/1‑150 (MQ=255) cAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATcca < 2:4937954/150‑1 (MQ=255) ctctTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATccacca < 1:3222032/150‑1 (MQ=255) ctctTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATccacca < 1:272997/150‑1 (MQ=255) ttCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGt > 1:3786181/1‑150 (MQ=255) tCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTg < 1:4662507/150‑1 (MQ=255) ggAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCa < 2:2726626/150‑1 (MQ=255) aGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATa < 1:1426905/150‑1 (MQ=255) gTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAg > 1:4599518/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGTGAAATACGGTTGATCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCCTGCCTTGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTc < 2:4009411/150‑1 (MQ=255) 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1:4448453/1‑150 (MQ=255) gCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTAGTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGgtg > 2:3497642/1‑150 (MQ=255) cGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGgtgt > 2:883071/1‑150 (MQ=255) gATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTa < 1:3467782/150‑1 (MQ=255) aTCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTAc > 1:5137688/1‑150 (MQ=255) aaCGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTActtct > 2:2439938/1‑150 (MQ=255) cGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCGAGGAACTGAAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTg < 1:2537292/150‑1 (MQ=255) ggTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGc > 2:1926148/1‑150 (MQ=255) aTCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATg < 2:2335006/150‑1 (MQ=255) ccTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCGAGGAACTGAAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCAATCGaga < 1:2226926/150‑3 (MQ=255) ccTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCGAGGAACTGAAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCAATCGaga < 1:1433117/150‑3 (MQ=255) gACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCa > 1:2820951/1‑150 (MQ=255) gACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCa > 1:4739836/1‑150 (MQ=255) gACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCGAGGAACTGAAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCAATCGAGAtaa > 1:289984/1‑148 (MQ=255) gACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCGAGGAACTGAAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCAATCGAGAtaa < 1:2661586/150‑3 (MQ=255) cGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCAcc < 2:4297909/150‑1 (MQ=255) ggATCCACCTGGTTGAATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCa < 1:1884146/150‑1 (MQ=255) ggATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCa < 1:407821/150‑1 (MQ=255) ggATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGGAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCa < 2:3393797/150‑1 (MQ=255) gATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCAg > 2:529977/1‑150 (MQ=255) gATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCAg > 1:4513983/1‑150 (MQ=255) | TCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCAG > NC_002947/471475‑471773 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |