| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 497,714 | A→C | 5.9% | D528A (GAC→GCC) ‡ | PP_0409 → | two‑component system sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 497,714 | 0 | A | C | 5.9% | 593.1 / 17.4 | 179 | D528A (GAC→GCC) ‡ | PP_0409 | two‑component system sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/78); new base C (5/6); total (95/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGGTGTAGTCTGGGACATCACACAGGGCAAGCGGGCCGAGCTGG > NC_002947/497565‑497860 | ccccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGa < 1:2245883/150‑1 (MQ=255) cccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGAc < 1:4689239/150‑1 (MQ=255) cccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGAc > 2:2263275/1‑150 (MQ=255) cccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGAc > 1:5030253/1‑150 (MQ=255) cccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGAc > 1:3736389/1‑150 (MQ=255) cccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGAc > 2:3448496/1‑150 (MQ=255) cccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGAc > 1:3334668/1‑150 (MQ=255) ccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACt > 2:264777/1‑150 (MQ=255) cTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTg < 1:4636341/150‑1 (MQ=255) tatCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTc < 2:1405702/150‑1 (MQ=255) tCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑Ct < 1:4497020/150‑1 (MQ=255) cAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTg < 1:4972570/150‑1 (MQ=255) cAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTg < 2:2910482/150‑1 (MQ=255) cAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTg < 2:4555901/150‑1 (MQ=255) cAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAG‑GACCAGTCCTGGTcgctg < 1:2671881/150‑5 (MQ=255) tGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCa < 1:4771237/150‑1 (MQ=255) gAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAg < 2:1528422/150‑1 (MQ=255) gggTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACGGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAG‑GACCAGTCCTGGTCGCTGGccagg < 1:1063923/150‑5 (MQ=255) gggTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACt < 2:3740848/137‑1 (MQ=255) gggTAGCGAGGCTGGGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAggg < 2:2741580/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAgggg > 2:1987793/1‑150 (MQ=255) ggTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAgggg < 1:707183/150‑1 (MQ=255) gCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCCTGCCAG‑GACCAGTCCTGGTCGCTGGCCAGGgccag < 2:570068/150‑4 (MQ=37) cGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCCTGCCAG‑GACCAGTCCTGGTCGCTGGCCAGGgccagg < 2:1930808/150‑5 (MQ=37) cGAGGCTGTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCAt > 2:4614984/1‑150 (MQ=255) gAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATc > 2:2041702/1‑150 (MQ=255) gAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATc > 2:4064488/1‑150 (MQ=255) aGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATcc < 2:271815/150‑1 (MQ=255) ttGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCAcc < 2:5338989/150‑1 (MQ=255) ttGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCAcc < 1:527420/150‑1 (MQ=255) ggtggGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCg > 1:817066/1‑150 (MQ=255) ggtggGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCg > 1:3374312/1‑150 (MQ=255) gggTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCa < 2:1323/150‑1 (MQ=255) 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gaTCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGc < 1:456573/150‑1 (MQ=255) aTCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGcc > 1:3200004/1‑150 (MQ=255) aTCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGcc > 2:790033/1‑150 (MQ=255) tCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCT‑GCCAG‑GACCAGTCCTGGTCGCTGGccaggg > 1:2360488/1‑107 (MQ=37) ccAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGa > 2:4965220/1‑150 (MQ=255) 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aGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGGTGTAGTCTGGGACATCACACAGGGCAAGCGGGCCGAgctgg > 1:5361170/1‑150 (MQ=255) | CCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTC‑CTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGGTGTAGTCTGGGACATCACACAGGGCAAGCGGGCCGAGCTGG > NC_002947/497565‑497860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |