| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 503,597 | G→A | 8.0% | D209N (GAC→AAC) | PP_0414 → | polyamine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 503,597 | 0 | G | A | 8.0% | 551.5 / 27.5 | 186 | D209N (GAC→AAC) | PP_0414 | polyamine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/73); new base A (9/6); total (107/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CGGCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACC > NC_002947/503448‑503746 | gCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGAc > 1:990668/1‑150 (MQ=255) gCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCGTTGCCACCTCGTTTGAc > 1:4770444/1‑150 (MQ=255) gACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGa > 1:5000920/1‑150 (MQ=255) gCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggt > 1:2548365/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtgg < 2:4112618/150‑1 (MQ=255) tGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTCAAACGAggtgg < 2:2911453/150‑1 (MQ=255) gCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggt < 1:1918338/150‑1 (MQ=255) cAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtg > 1:75289/1‑150 (MQ=255) cAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtg < 1:581656/150‑1 (MQ=255) aGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtgg < 1:5087933/150‑1 (MQ=255) ggggTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtggt > 1:3296560/1‑150 (MQ=255) ggggTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtaaa < 1:2741589/150‑4 (MQ=255) gggTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGgtggtggtg > 2:3186368/1‑150 (MQ=255) ggcttCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCAGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTATCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGgtggtggtg > 2:2053267/4‑150 (MQ=255) gTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGAc > 2:2122007/1‑150 (MQ=255) gTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGAc < 1:3010939/150‑1 (MQ=255) gTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTACCACCTCGTCAAACGAggtggcaaaggc < 1:3116156/150‑8 (MQ=255) ttCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACg < 1:1054095/150‑1 (MQ=255) 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aaTCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTc < 2:4665321/150‑1 (MQ=255) tGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCgccg < 2:913106/150‑1 (MQ=255) tgcgtgcgGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCgccgggc < 1:4216698/150‑1 (MQ=255) tgcgtgcgGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCgccgggc < 1:2521937/150‑1 (MQ=255) cggcggCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGc < 1:4137734/150‑1 (MQ=255) ggcCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGc < 1:156836/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAac > 1:4627429/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAac > 2:4020431/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAac > 1:686167/1‑150 (MQ=255) aGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAaca > 1:2617700/1‑150 (MQ=255) aGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTACCACCTCGTCAAACGAggt > 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gcctttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCg < 1:229866/150‑1 (MQ=255) gcctttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCg > 2:4249103/1‑150 (MQ=255) gcctttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCg < 1:4847579/150‑1 (MQ=255) cctttgccACCTCGTTTGACGGGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCgg < 1:4772634/150‑1 (MQ=255) ctttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGgt < 1:1533844/150‑1 (MQ=255) tttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGgtg > 1:5022604/1‑150 (MQ=255) caccACCTCGTCAAACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGtgtt > 1:1071109/3‑150 (MQ=255) caccACCTCGTCAAACGAGGTGGCGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGtgtt > 2:1136430/3‑150 (MQ=255) cACCTCGTCAAACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTgttgtt > 2:5337477/1‑150 (MQ=255) cACCTCGTCAAACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTgttgtt > 2:2880888/1‑150 (MQ=255) aCCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGttgttg < 1:2122007/150‑1 (MQ=255) aCCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGACAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGttgttg > 1:2637083/1‑150 (MQ=255) cTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgct < 2:1275368/150‑1 (MQ=255) cTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgct < 1:1280160/150‑1 (MQ=255) tCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGTGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgctg > 1:5066104/1‑150 (MQ=255) tCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgctg > 1:1188739/1‑150 (MQ=255) cGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgctgc < 2:4529266/150‑1 (MQ=255) cGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgctgc < 2:1787707/150‑1 (MQ=255) gTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTgctgct > 1:2873186/1‑150 (MQ=255) | CGGCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACC > NC_002947/503448‑503746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |