| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 541,402 | C→T | 13.1% | H1259H (CAC→CAT) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 541,402 | 0 | C | T | 13.1% | 515.9 / 57.3 | 198 | H1259H (CAC→CAT) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/103); new base T (17/9); total (86/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
ATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGA > NC_002947/541253‑541550 | aTCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCAc < 2:5425214/150‑1 (MQ=255) tCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCAcg > 1:3927640/1‑150 (MQ=255) aGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCAcgcgc < 2:2945626/150‑1 (MQ=255) 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tccaccaccTGGTCGACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATGGTGCGGctt > 1:643617/4‑148 (MQ=255) caccaccTGGTCGACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATGGTGCGGCTTac > 1:3039196/2‑150 (MQ=255) ccACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATacac > 1:2345819/1‑150 (MQ=255) ccACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATacac > 2:4661266/1‑150 (MQ=255) cACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACAcc < 1:4913834/150‑1 (MQ=255) cACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACAcc < 1:5128798/150‑1 (MQ=255) acctggtcgACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATGGTGCGGCTTacacgc > 1:2522769/4‑148 (MQ=255) ctggtcgACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATGGTGCGGCTTACACGCTg > 2:3018278/2‑150 (MQ=255) tggtcgACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATGGTGCGGCTTACACGCTGc < 2:643617/150‑1 (MQ=255) ggtggACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCa > 1:520338/1‑150 (MQ=255) tggACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAg > 1:4087758/1‑150 (MQ=255) ggACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGa < 1:958044/150‑1 (MQ=255) aGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTca < 2:1871848/150‑1 (MQ=255) gATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCgg < 1:1508686/87‑1 (MQ=255) gATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTcac < 1:5316635/150‑1 (MQ=255) aTGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTcaca < 1:1014456/150‑1 (MQ=255) cACGCGCGGTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTg < 2:15741/150‑1 (MQ=255) aCGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATaca > 1:369098/1‑126 (MQ=255) aCGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATaca < 2:369098/126‑1 (MQ=255) aCGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGa < 2:520338/150‑1 (MQ=255) | ATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGA > NC_002947/541253‑541550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |